Пакет: fasta3 (36.3.8i.14-Nov-2020-1 и другие)
Ссылки для fasta3
Ресурсы Debian:
- Сообщения об ошибках
- Developer Information
- Debian журнал изменений
- Файл авторских прав
- Отслеживание заплат Debian
Исходный код fasta3:
- [fasta3_36.3.8i.14-Nov-2020-1.dsc]
- [fasta3_36.3.8i.14-Nov-2020.orig.tar.gz]
- [fasta3_36.3.8i.14-Nov-2020-1.debian.tar.xz]
Сопровождающие:
Внешние ресурсы:
- Сайт [fasta.bioch.virginia.edu]
Подобные пакеты:
tools for searching collections of biological sequences
The FASTA programs find regions of local or global similarity between Protein or DNA sequences, either by searching Protein or DNA databases, or by identifying local duplications within a sequence. Other programs provide information on the statistical significance of an alignment. Like BLAST, FASTA can be used to infer functional and evolutionary relationships between sequences as well as help identify members of gene families.
* Protein - Protein-protein FASTA - Protein-protein Smith-Waterman (ssearch) - Global Protein-protein (Needleman-Wunsch) (ggsearch) - Global/Local protein-protein (glsearch) - Protein-protein with unordered peptides (fasts) - Protein-protein with mixed peptide sequences (fastf)
* Nucleotide - Nucleotide-Nucleotide (DNA/RNA fasta) - Ordered Nucleotides vs Nucleotide (fastm) - Un-ordered Nucleotides vs Nucleotide (fasts)
* Translated - Translated DNA (with frameshifts, e.g. ESTs) vs Proteins (fastx/fasty) - Protein vs Translated DNA (with frameshifts) (tfastx/tfasty) - Peptides vs Translated DNA (tfasts)
* Statistical Significance - Protein vs Protein shuffle (prss) - DNA vs DNA shuffle (prss) - Translated DNA vs Protein shuffle (prfx)
* Local Duplications - Local Protein alignments (lalign) - Plot Protein alignment "dot-plot" (plalign) - Local DNA alignments (lalign) - Plot DNA alignment "dot-plot" (plalign)
This software is often used via a web service at the EBI with readily indexed reference databases at http://www.ebi.ac.uk/Tools/fasta/.
Другие пакеты, относящиеся к fasta3
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, sh4]
- библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
- библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]
-
- dep: python3
- интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)
-
- rec: r-base-core
- GNU R core of statistical computation and graphics system
-
- sug: bedtools
- suite of utilities for comparing genomic features
-
- sug: libdbd-mysql-perl
- интерфейс к СУБД MariaDB/MySQL для Perl5
-
- sug: libdbi-perl
- Perl-интерфейс к базам данных (DBI)
-
- sug: libhtml-tableextract-perl
- module for extracting the content contained in HTML tables
-
- sug: libjson-perl
- module for manipulating JSON-formatted data
-
- sug: liburi-encode-perl
- Perl module to encode and decode strings to URIs
-
- sug: libwww-perl
- простой и надёжный интерфейс для Всемирной паутины
-
- sug: libxml-twig-perl
- Perl module for processing huge XML documents in tree mode
-
- sug: ncbi-blast+
- поиск первичных биологических последовательностей
-
- sug: perl
- практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов
-
- sug: python3-mysqldb
- Python interface to MySQL
Загрузка fasta3
Архитектура | Версия | Размер пакета | В установленном виде | Файлы |
---|---|---|---|---|
alpha (неофициальный перенос) | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 907,4 Кб | 7 534,0 Кб | [список файлов] |
amd64 | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 902,2 Кб | 6 970,0 Кб | [список файлов] |
arm64 | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 805,2 Кб | 6 702,0 Кб | [список файлов] |
armel | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 807,9 Кб | 6 924,0 Кб | [список файлов] |
armhf | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 771,9 Кб | 5 324,0 Кб | [список файлов] |
hppa (неофициальный перенос) | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 864,1 Кб | 6 245,0 Кб | [список файлов] |
i386 | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 853,3 Кб | 6 924,0 Кб | [список файлов] |
ia64 (неофициальный перенос) | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 1 075,0 Кб | 11 899,0 Кб | [список файлов] |
m68k (неофициальный перенос) | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 755,2 Кб | 5 887,0 Кб | [список файлов] |
mips64el | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 809,3 Кб | 6 742,0 Кб | [список файлов] |
ppc64 (неофициальный перенос) | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 872,1 Кб | 7 875,0 Кб | [список файлов] |
ppc64el | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 884,6 Кб | 8 238,0 Кб | [список файлов] |
riscv64 | 36.3.8i.14-Nov-2020-1+b1 | 1 005,6 Кб | 5 915,0 Кб | [список файлов] |
s390x | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 826,1 Кб | 6 836,0 Кб | [список файлов] |
sh4 (неофициальный перенос) | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 929,0 Кб | 6 336,0 Кб | [список файлов] |
sparc64 (неофициальный перенос) | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 895,1 Кб | 18 263,0 Кб | [список файлов] |
x32 (неофициальный перенос) | 36.3.8i.14-Nov-2020-1 | 884,2 Кб | 6 748,0 Кб | [список файлов] |