Pakiet: fasta3 (36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde i inne)
Odnośniki dla fasta3
Zasoby systemu Debian:
- Raporty o błędach
- Developer Information
- Dziennik zmian w systemie Debian
- Informacje nt. praw autorskich
- Śledzenie łatek systemu Debian
Pobieranie pakietu źródłowego fasta3:
- [fasta3_36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde.dsc]
- [fasta3_36.3.8i.14-Nov-2020.orig.tar.gz]
- [fasta3_36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde.debian.tar.xz]
Opiekunowie:
Zasoby zewnętrzne:
- Strona internetowa [fasta.bioch.virginia.edu]
Podobne pakiety:
Pakiet eksperymentalny
Ostrzeżenie: Pakiet pochodzi z dystrybucji eksperymentalnej. Oznacza to, że prawdopodobnie jest niestabilny lub zawiera błędy i może spowodować nawet utratę danych. Przed użyciem pakietu proszę koniecznie zapoznać się z dziennikiem zmian i inną dostępną dokumentacją.
tools for searching collections of biological sequences
The FASTA programs find regions of local or global similarity between Protein or DNA sequences, either by searching Protein or DNA databases, or by identifying local duplications within a sequence. Other programs provide information on the statistical significance of an alignment. Like BLAST, FASTA can be used to infer functional and evolutionary relationships between sequences as well as help identify members of gene families.
* Protein - Protein-protein FASTA - Protein-protein Smith-Waterman (ssearch) - Global Protein-protein (Needleman-Wunsch) (ggsearch) - Global/Local protein-protein (glsearch) - Protein-protein with unordered peptides (fasts) - Protein-protein with mixed peptide sequences (fastf)
* Nucleotide - Nucleotide-Nucleotide (DNA/RNA fasta) - Ordered Nucleotides vs Nucleotide (fastm) - Un-ordered Nucleotides vs Nucleotide (fasts)
* Translated - Translated DNA (with frameshifts, e.g. ESTs) vs Proteins (fastx/fasty) - Protein vs Translated DNA (with frameshifts) (tfastx/tfasty) - Peptides vs Translated DNA (tfasts)
* Statistical Significance - Protein vs Protein shuffle (prss) - DNA vs DNA shuffle (prss) - Translated DNA vs Protein shuffle (prfx)
* Local Duplications - Local Protein alignments (lalign) - Plot Protein alignment "dot-plot" (plalign) - Local DNA alignments (lalign) - Plot DNA alignment "dot-plot" (plalign)
This software is often used via a web service at the EBI with readily indexed reference databases at http://www.ebi.ac.uk/Tools/fasta/.
Inne pakiety związane z fasta3
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, sh4]
- Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
- Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]
-
- dep: python3
- Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)
-
- rec: r-base-core
- GNU R core of statistical computation and graphics system
-
- sug: bedtools
- suite of utilities for comparing genomic features
-
- sug: libdbd-mysql-perl
- Perl5 database interface to the MariaDB/MySQL database
-
- sug: libdbi-perl
- Interfejs bazodanowy Perl (DBI)
-
- sug: libhtml-tableextract-perl
- module for extracting the content contained in HTML tables
-
- sug: libjson-perl
- module for manipulating JSON-formatted data
-
- sug: liburi-encode-perl
- Perl module to encode and decode strings to URIs
-
- sug: libwww-perl
- Prosty i spójny interfejs do WWW
-
- sug: libxml-twig-perl
- Perl module for processing huge XML documents in tree mode
-
- sug: ncbi-blast+
- next generation suite of BLAST sequence search tools
-
- sug: perl
- praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla
-
- sug: python3-mysqldb
- Python interface to MySQL
Pobieranie fasta3
Architektura | Wersja | Rozmiar pakietu | Rozmiar po instalacji | Pliki |
---|---|---|---|---|
alpha (port nieoficjalny) | 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde | 907,5 KiB | 7 534,0 KiB | [lista plików] |
amd64 | 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde | 902,0 KiB | 6 970,0 KiB | [lista plików] |
arm64 | 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde | 805,3 KiB | 6 702,0 KiB | [lista plików] |
armel | 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde | 811,0 KiB | 6 328,0 KiB | [lista plików] |
armhf | 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde | 775,9 KiB | 4 992,0 KiB | [lista plików] |
hppa (port nieoficjalny) | 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde | 864,1 KiB | 6 245,0 KiB | [lista plików] |
i386 | 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde | 852,7 KiB | 6 924,0 KiB | [lista plików] |
ia64 (port nieoficjalny) | 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde | 1 074,4 KiB | 11 899,0 KiB | [lista plików] |
m68k (port nieoficjalny) | 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde | 755,5 KiB | 5 887,0 KiB | [lista plików] |
mips64el | 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde | 809,2 KiB | 6 742,0 KiB | [lista plików] |
ppc64 (port nieoficjalny) | 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde | 872,5 KiB | 7 875,0 KiB | [lista plików] |
ppc64el | 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde | 884,6 KiB | 8 238,0 KiB | [lista plików] |
riscv64 | 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde+b1 | 1 005,3 KiB | 5 915,0 KiB | [lista plików] |
s390x | 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde | 826,3 KiB | 6 836,0 KiB | [lista plików] |
sh4 (port nieoficjalny) | 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde | 929,0 KiB | 6 336,0 KiB | [lista plików] |
sparc64 (port nieoficjalny) | 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde | 895,6 KiB | 18 263,0 KiB | [lista plików] |
x32 (port nieoficjalny) | 36.3.8i.14-Nov-2020-2~0exp0simde | 884,5 KiB | 6 748,0 KiB | [lista plików] |