Pakiet: canu (1.8+dfsg-2)

[ Pakiet źródłowy: canu  ]

single molecule sequence assembler for genomes

Canu is a fork of the Celera Assembler, designed for high-noise single-molecule sequencing (such as the PacBio RS II or Oxford Nanopore MinION).

Canu is a hierarchical assembly pipeline which runs in four steps:

 * Detect overlaps in high-noise sequences using MHAP
 * Generate corrected sequence consensus
 * Trim corrected sequences
 * Assemble trimmed corrected sequences

Inne pakiety związane z canu

• dep: gnuplot

  Interaktywny program do tworzenia wykresów, sterowany z wiersza poleceń
  również pakiet wirtualny udostępniany przez gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: libc6 (>= 2.14)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libfilesys-df-perl

  Module to obtain filesystem disk space information

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: mhap (>= 2.1.3)

  locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps

• dep: perl

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

• sug: nanopolish

  consensus caller for nanopore sequencing data

• sug: pbgenomicconsensus

  Pacific Biosciences variant and consensus caller

Pobieranie canu

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	1 971,5 KiB	12 736,0 KiB	[lista plików]