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パッケージ: ggd-utils (1.0.0+ds-1 など)

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programs for use in ggd

Takes a genome file and (currently) a .vcf.gz or a .bed.gz and checks that: 

    * a .tbi is present
    * the VCF has ""##fileformat=VCF" as the first
    line
    * the VCF has a #CHROM header
    * the chromosome are in the order specified by
    the genome file (and present)
    * the positions are sorted
    * the positions are <= the chromosome lengths
    defined in the genome file.

As a result, any new genome going into GGD will have a .genome file that will dictate the sort order and presence or absence of the 'chr' prefix for chromosomes

その他の ggd-utils 関連パッケージ

  • 依存
  • 推奨
  • 提案
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アーキテクチャ バージョン パッケージサイズ インストールサイズ ファイル
amd64 1.0.0+ds-1+b16 2,206.1 kB6,605.0 kB [ファイル一覧]
arm64 1.0.0+ds-1+b16 1,895.3 kB6,162.0 kB [ファイル一覧]
armel 1.0.0+ds-1+b16 1,964.1 kB6,504.0 kB [ファイル一覧]
armhf 1.0.0+ds-1+b16 1,958.5 kB6,504.0 kB [ファイル一覧]
i386 1.0.0+ds-1+b16 2,127.9 kB6,428.0 kB [ファイル一覧]
mips64el 1.0.0+ds-1+b16 1,791.9 kB7,204.0 kB [ファイル一覧]
ppc64el 1.0.0+ds-1+b16 1,888.7 kB6,417.0 kB [ファイル一覧]
riscv64 1.0.0+ds-1+b11 1,962.8 kB6,225.0 kB [ファイル一覧]
s390x 1.0.0+ds-1+b16 2,005.8 kB6,865.0 kB [ファイル一覧]