パッケージ: ggd-utils (1.0.0+ds-1 など)

[ ソース: ggd-utils  ]

programs for use in ggd

Takes a genome file and (currently) a .vcf.gz or a .bed.gz and checks that:

    * a .tbi is present
    * the VCF has ""##fileformat=VCF" as the first
    line
    * the VCF has a #CHROM header
    * the chromosome are in the order specified by
    the genome file (and present)
    * the positions are sorted
    * the positions are <= the chromosome lengths
    defined in the genome file.

As a result, any new genome going into GGD will have a .genome file that will dictate the sort order and presence or absence of the 'chr' prefix for chromosomes

その他の ggd-utils 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

ggd-utils のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	1.0.0+ds-1+b6	1,775.3 kB	5,126.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	1.0.0+ds-1+b6	1,530.8 kB	4,842.0 kB	[ファイル一覧]
armel	1.0.0+ds-1+b6	1,515.0 kB	4,907.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	1.0.0+ds-1+b6	1,507.8 kB	4,883.0 kB	[ファイル一覧]
i386	1.0.0+ds-1+b6	1,651.4 kB	4,956.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	1.0.0+ds-1+b6	1,379.6 kB	5,565.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	1.0.0+ds-1+b6	1,412.2 kB	5,462.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	1.0.0+ds-1+b6	1,497.5 kB	4,905.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	1.0.0+ds-1+b6	1,619.4 kB	5,246.0 kB	[ファイル一覧]