パッケージ: r-bioc-rsamtools (2.20.0+dfsg-1 など)

r-bioc-rsamtools に関するリンク

Debian の資源:

r-bioc-rsamtools ソースパッケージをダウンロード:

メンテナ:

外部の資源:

ホームページ [bioconductor.org]

類似のパッケージ:

GNU R binary alignment (BAM), variant call (BCF), or tabix file import

This package provides an interface to the 'samtools', 'bcftools', and 'tabix' utilities for manipulating SAM (Sequence Alignment / Map), binary variant call (BCF) and compressed indexed tab-delimited (tabix) files.

その他の r-bioc-rsamtools 関連パッケージ

依存

推奨

提案

enhances

dep: libbz2-1.0 [hppa, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]

高品質なブロックソートファイル圧縮器 - ランタイム
dep: libc6 (>= 2.15) [m68k, sparc64]

GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, ia64, m68k, sh4, sparc64 以外]

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libcurl4 (>= 7.18.0) [hppa, ia64, sh4, x32]

使いやすいクライアントサイドの URL 転送ライブラリ (OpenSSL フレーバ)
dep: libcurl4t64 (>= 7.18.0) [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]

使いやすいクライアントサイドの URL 転送ライブラリ (OpenSSL フレーバ)
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

GCC 共有ライブラリ

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

GCC 共有ライブラリ
dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

パッケージは利用できません
dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

パッケージは利用できません
dep: libgomp1 (>= 4.2.1) [m68k, sparc64]

GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ
dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614) [hppa, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]

XZ 形式の圧縮ライブラリ
dep: libstdc++6 (>= 11) [m68k, sparc64 以外]

GNU 標準 C++ ライブラリ v3

dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, sparc64]
dep: libunwind8 [ia64]

プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版
dep: r-api-3.4 [m68k]

パッケージは利用できません
dep: r-api-3.5 [sparc64]

パッケージは利用できません
dep: r-api-4.0 [m68k, sparc64 以外]

以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: r-base-core
dep: r-api-bioc-3.16 [x32]

パッケージは利用できません
dep: r-api-bioc-3.18 [hppa, ia64, sh4]

パッケージは利用できません
dep: r-api-bioc-3.19 [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]

以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: r-bioc-biocgenerics
dep: r-api-bioc-3.8 [sparc64]

パッケージは利用できません
dep: r-base-core (>= 3.4.2-2) [m68k]

GNU R core of statistical computation and graphics system

dep: r-base-core (>= 3.5.2-1) [sparc64]

dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-1) [x32]
dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.1.3) [m68k]

generic functions for Bioconductor

dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.25.1) [hppa, ia64, sh4, sparc64, x32]

dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.50.0) [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]
dep: r-bioc-biocparallel [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]

BioConductor facilities for parallel evaluation

dep: r-bioc-biocparallel (>= 1.38.0) [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]
dep: r-bioc-biostrings (>= 2.37.1) [m68k]

GNU R string objects representing biological sequences

dep: r-bioc-biostrings (>= 2.47.6) [hppa, ia64, sh4, sparc64, x32]

dep: r-bioc-biostrings (>= 2.72.1) [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]
dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.1.3) [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]

BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.40.1) [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]
dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.21.6) [m68k]

BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.31.8) [hppa, ia64, sh4, sparc64, x32]

dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.56.1) [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]
dep: r-bioc-iranges (>= 2.13.12) [hppa, ia64, sh4, sparc64, x32]

GNU R low-level containers for storing sets of integer ranges

dep: r-bioc-iranges (>= 2.3.7) [m68k]

dep: r-bioc-iranges (>= 2.38.1) [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]
dep: r-bioc-rhtslib (>= 1.99.3) [hppa, ia64, sh4, x32]

HTSlib high-throughput sequencing library as GNU R package

dep: r-bioc-rhtslib (>= 3.0.0) [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]
dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.13.8) [m68k]

BioConductor S4 implementation of vectors and lists

dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.17.25) [hppa, ia64, sh4, sparc64, x32]

dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.42.1) [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]
dep: r-bioc-xvector (>= 0.15.1) [m68k]

BioConductor representation and manpulation of external sequences

dep: r-bioc-xvector (>= 0.19.7) [hppa, ia64, sh4, sparc64, x32]

dep: r-bioc-xvector (>= 0.44.0) [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]
dep: r-bioc-zlibbioc [hppa, ia64, sh4, sparc64, x32]

(Virtual) zlibbioc Bioconductor package

dep: r-bioc-zlibbioc (>= 1.50.0) [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]
dep: r-cran-bitops

GNU R package implementing bitwise operations
dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [hppa, sh4, x32 以外]

圧縮ライブラリ - ランタイム

rec: r-bioc-shortread

GNU R classes and methods for high-throughput short-read sequencing data
rec: r-cran-runit

GNU R package providing unit testing framework

sug: r-bioc-biocstyle [hppa, ia64, sh4, x32]

standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

sug: r-bioc-biocstyle (>= 2.32.1) [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]
sug: r-bioc-genomicalignments [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]

BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments

sug: r-bioc-genomicalignments (>= 1.40.0) [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]
sug: r-bioc-genomicfeatures [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]

GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations

sug: r-bioc-genomicfeatures (>= 1.56.0) [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]
sug: r-bioc-shortread (>= 1.19.10) [hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

GNU R classes and methods for high-throughput short-read sequencing data

sug: r-bioc-shortread (>= 1.62.0) [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]
sug: r-cran-knitr [m68k, sparc64, x32 以外]

GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming
sug: r-cran-runit [sparc64 以外]

GNU R package providing unit testing framework

r-bioc-rsamtools のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	2.20.0+dfsg-1	3,509.6 kB	5,837.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	2.20.0+dfsg-1	3,515.2 kB	5,655.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	2.20.0+dfsg-1	3,481.1 kB	5,644.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	2.18.0+dfsg-1	3,506.9 kB	5,731.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	2.18.0+dfsg-1+b1	3,636.0 kB	6,843.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	1.30.0-1	3,206.0 kB	5,170.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	2.20.0+dfsg-1	3,470.0 kB	5,831.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	2.20.0+dfsg-1	3,554.1 kB	6,231.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	2.20.0+dfsg-1	3,564.3 kB	6,092.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	2.20.0+dfsg-1	3,527.0 kB	5,435.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	2.20.0+dfsg-1	3,529.0 kB	5,795.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	2.18.0+dfsg-1	3,552.9 kB	5,453.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	1.34.1-1	3,424.1 kB	5,736.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	2.14.0-1	3,666.4 kB	5,700.0 kB	[ファイル一覧]