Pakiet: r-bioc-rsamtools (2.22.0+dfsg-2 i inne)

[ Pakiet źródłowy: r-bioc-rsamtools  ]

GNU R binary alignment (BAM), variant call (BCF), or tabix file import

This package provides an interface to the 'samtools', 'bcftools', and 'tabix' utilities for manipulating SAM (Sequence Alignment / Map), binary variant call (BCF) and compressed indexed tab-delimited (tabix) files.

Inne pakiety związane z r-bioc-rsamtools

• dep: libbz2-1.0 [nie hppa, m68k, sh4, sparc64, x32]

  Wysokiej jakości biblioteka kompresji plików - wersja uruchomieniowa

• dep: libc6 (>= 2.15) [m68k, sparc64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, m68k, sh4, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libcurl4 (>= 7.18.0) [hppa, ia64, sh4, x32]

  Łatwa w użyciu biblioteka klienta do transferu adresów URL (wersja OpenSSL)

• dep: libcurl4t64 (>= 7.18.0) [nie hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]

  Łatwa w użyciu biblioteka klienta do transferu adresów URL (wersja OpenSSL)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

  Pakiet niedostępny

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Pakiet niedostępny

• dep: libgomp1 (>= 4.2.1) [m68k, sparc64]

  Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614) [nie hppa, m68k, sh4, sparc64, x32]

  Biblioteka do kompresji w formacie XZ

• dep: libstdc++6 (>= 11) [nie m68k, sparc64]

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

• dep: r-api-3.4 [m68k]

  Pakiet niedostępny

• dep: r-api-3.5 [sparc64]

  Pakiet niedostępny

• dep: r-api-4.0 [nie m68k, sparc64]

  pakiet wirtualny udostępniany przez r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.16 [x32]

  Pakiet niedostępny

• dep: r-api-bioc-3.18 [hppa, ia64, sh4]

  Pakiet niedostępny

• dep: r-api-bioc-3.20 [nie hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]

  pakiet wirtualny udostępniany przez r-bioc-biocgenerics

• dep: r-api-bioc-3.8 [sparc64]

  Pakiet niedostępny

• dep: r-base-core (>= 3.4.2-2) [m68k]

  GNU R core of statistical computation and graphics system

  dep: r-base-core (>= 3.5.2-1) [sparc64]

  dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-1) [x32]

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.1.3) [m68k]

  generic functions for Bioconductor

  dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.25.1) [nie m68k]

• dep: r-bioc-biocparallel

  BioConductor facilities for parallel evaluation

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.37.1) [m68k]

  GNU R string objects representing biological sequences

  dep: r-bioc-biostrings (>= 2.47.6) [nie m68k]

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.1.3)

  BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.21.6) [m68k]

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

  dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.31.8) [nie m68k]

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.13.12) [nie m68k]

  GNU R low-level containers for storing sets of integer ranges

  dep: r-bioc-iranges (>= 2.3.7) [m68k]

• dep: r-bioc-rhtslib (>= 1.99.3) [hppa, ia64, sh4, x32]

  HTSlib high-throughput sequencing library as GNU R package

  dep: r-bioc-rhtslib (>= 2.99.1) [nie hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.13.8) [m68k]

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

  dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.17.25) [nie m68k]

• dep: r-bioc-xvector (>= 0.15.1) [m68k]

  BioConductor representation and manpulation of external sequences

  dep: r-bioc-xvector (>= 0.19.7) [nie m68k]

• dep: r-bioc-zlibbioc [nie m68k]

  (Virtual) zlibbioc Bioconductor package

• dep: r-cran-bitops

  GNU R package implementing bitwise operations

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [nie hppa, sh4, x32]

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

• rec: r-bioc-shortread

  GNU R classes and methods for high-throughput short-read sequencing data

• rec: r-cran-runit

  GNU R package providing unit testing framework

• sug: r-bioc-biocstyle [nie m68k, sparc64]

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-genomicalignments

  BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments

• sug: r-bioc-genomicfeatures

  GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations

• sug: r-bioc-shortread (>= 1.19.10) [nie sparc64]

  GNU R classes and methods for high-throughput short-read sequencing data

• sug: r-cran-knitr [nie m68k, sparc64, x32]

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-runit [nie sparc64]

  GNU R package providing unit testing framework

Pobieranie r-bioc-rsamtools

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	2.22.0+dfsg-2	3 510,1 KiB	5 837,0 KiB	[lista plików]
amd64	2.22.0+dfsg-2	3 515,3 KiB	5 655,0 KiB	[lista plików]
arm64	2.22.0+dfsg-2	3 481,7 KiB	5 644,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	2.18.0+dfsg-1	3 506,9 KiB	5 731,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	2.18.0+dfsg-1+b1	3 636,0 KiB	6 843,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	1.30.0-1	3 206,0 KiB	5 170,0 KiB	[lista plików]
mips64el	2.22.0+dfsg-2	3 470,0 KiB	5 831,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	2.22.0+dfsg-2	3 554,0 KiB	6 231,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	2.22.0+dfsg-2	3 563,7 KiB	6 092,0 KiB	[lista plików]
riscv64	2.22.0+dfsg-2	3 526,6 KiB	5 435,0 KiB	[lista plików]
s390x	2.22.0+dfsg-2	3 528,5 KiB	5 795,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	2.18.0+dfsg-1	3 552,9 KiB	5 453,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	1.34.1-1	3 424,1 KiB	5 736,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	2.14.0-1	3 666,4 KiB	5 700,0 KiB	[lista plików]