Package: ragout (2.3-5 and others)

[ Source: ragout  ]

Reference-Assisted Genome Ordering UTility

Ragout (Reference-Assisted Genome Ordering UTility) è uno strumento per creare scaffold a livello di cromosoma che usa riferimenti multipli. Dati dei frammenti iniziali di assemblamento (contig/scaffold) e uno o più riferimenti correlati (completi o bozze), produce un assemblato su scala di cromosoma (come insieme di scaffold).

L'approccio è basato sull'analisi di riarrangiamenti genomici (come inversioni o traslocazioni cromosomiche) tra i genomi di input e sulla ricostruzione della struttura più parsimoniosa del genoma obiettivo.

Ragout ora gestisce genomi sia piccoli sia grandi (di scala e complessità dei Mammiferi). L'assemblaggio di genomi altamente polimorfici è attualmente limitato.

Other Packages Related to ragout

• dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, arm64, ia64, sh4]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not arm64]

  libreria GNU Standard C++, versione 3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  libreria per tracciare la catena di chiamate di un programma - runtime

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

• dep: python3-networkx

  strumento per creare, manipolare e studiare reti complesse (Python 3)

• dep: python3-six

  libreria di compatibilità per Python 2 e 3

• rec: sibelia

  strumento per genomica comparativa

Download ragout

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	2.3-5	2,068.7 kB	9,728.0 kB	[list of files]
amd64	2.3-5	2,072.9 kB	9,659.0 kB	[list of files]
arm64	2.3-5+b1	2,064.1 kB	9,664.0 kB	[list of files]
armel	2.3-5	2,063.8 kB	9,629.0 kB	[list of files]
armhf	2.3-5	2,066.9 kB	9,585.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	2.3-5	2,076.1 kB	9,640.0 kB	[list of files]
i386	2.3-5	2,085.3 kB	9,673.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	2.3-5	2,090.9 kB	9,805.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	2.3-5	2,074.2 kB	9,645.0 kB	[list of files]
mips64el	2.3-5	2,072.5 kB	9,801.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	2.3-5	2,078.8 kB	9,791.0 kB	[list of files]
ppc64el	2.3-5	2,077.4 kB	9,791.0 kB	[list of files]
riscv64	2.3-5	2,072.2 kB	9,607.0 kB	[list of files]
s390x	2.3-5	2,075.7 kB	9,683.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	2.3-5	2,086.8 kB	9,661.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	2.3-5	2,064.6 kB	11,523.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	2.3-5	2,072.7 kB	9,641.0 kB	[list of files]