Paquet : ragout (2.3-5 et autres)

[ Paquet source : ragout  ]

Reference-Assisted Genome Ordering UTility

Ragout (Reference-Assisted Genome Ordering UTility) is a tool for chromosome-level scaffolding using multiple references. Given initial assembly fragments (contigs/scaffolds) and one or multiple related references (complete or draft), it produces a chromosome-scale assembly (as a set of scaffolds).

The approach is based on the analysis of genome rearrangements (like inversions or chromosomal translocations) between the input genomes and reconstructing the most parsimonious structure of the target genome.

Ragout now supports both small and large genomes (of mammalian scale and complexity). The assembly of highly polymorphic genomes is currently limited.

Autres paquets associés à ragout

• dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, arm64, ia64, loong64, sh4]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [loong64, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [non arm64]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-networkx

  tool to create, manipulate and study complex networks (Python3)

• dep: python3-six

  bibliothèque de compatibilité Python 2 et 3 – interface Python⋅3

• rec: sibelia

  comparative genomics tool

Télécharger ragout

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	2.3-5	2 068,7 ko	9 728,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	2.3-5	2 072,9 ko	9 659,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	2.3-5+b2	2 068,1 ko	9 664,0 ko	[liste des fichiers]
armel	2.3-5	2 063,8 ko	9 629,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	2.3-5	2 066,9 ko	9 585,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	2.3-5	2 076,1 ko	9 640,0 ko	[liste des fichiers]
i386	2.3-5	2 085,3 ko	9 673,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	2.3-5	2 090,9 ko	9 805,0 ko	[liste des fichiers]
loong64 (portage non officiel)	2.3-5	2 063,7 ko	9 663,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	2.3-5	2 074,2 ko	9 645,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	2.3-5	2 072,5 ko	9 801,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	2.3-5	2 078,8 ko	9 791,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	2.3-5	2 077,4 ko	9 791,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	2.3-5	2 072,2 ko	9 607,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	2.3-5	2 075,7 ko	9 683,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	2.3-5	2 086,8 ko	9 661,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	2.3-5	2 064,6 ko	11 523,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	2.3-5	2 072,7 ko	9 641,0 ko	[liste des fichiers]