Package: ragout (2.3-5 and others)

[ Source: ragout  ]

Reference-Assisted Genome Ordering UTility

Ragout (Reference-Assisted Genome Ordering UTility) è uno strumento per creare scaffold a livello di cromosoma che usa riferimenti multipli. Dati dei frammenti iniziali di assemblamento (contig/scaffold) e uno o più riferimenti correlati (completi o bozze), produce un assemblato su scala di cromosoma (come insieme di scaffold).

L'approccio è basato sull'analisi di riarrangiamenti genomici (come inversioni o traslocazioni cromosomiche) tra i genomi di input e sulla ricostruzione della struttura più parsimoniosa del genoma obiettivo.

Ragout ora gestisce genomi sia piccoli sia grandi (di scala e complessità dei Mammiferi). L'assemblaggio di genomi altamente polimorfici è attualmente limitato.

Other Packages Related to ragout

• dep: libc6 (>= 2.34) [not arm64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, i386, riscv64]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not arm64]

  libreria GNU Standard C++, versione 3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64]

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

• dep: python3-networkx

  strumento per creare, manipolare e studiare reti complesse (Python 3)

• dep: python3-six

  libreria di compatibilità per Python 2 e 3

• rec: sibelia

  strumento per genomica comparativa

Download ragout

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	2.3-5	2,072.9 kB	9,659.0 kB	[list of files]
arm64	2.3-5+b1	2,064.1 kB	9,664.0 kB	[list of files]
armel	2.3-5	2,063.8 kB	9,629.0 kB	[list of files]
armhf	2.3-5	2,066.9 kB	9,585.0 kB	[list of files]
i386	2.3-5	2,085.3 kB	9,673.0 kB	[list of files]
mips64el	2.3-5	2,072.5 kB	9,801.0 kB	[list of files]
ppc64el	2.3-5	2,077.4 kB	9,791.0 kB	[list of files]
riscv64	2.3-5	2,072.2 kB	9,607.0 kB	[list of files]
s390x	2.3-5	2,075.7 kB	9,683.0 kB	[list of files]