Pacote: ragout (2.3-5 e outros)

[ Fonte: ragout  ]

Reference-Assisted Genome Ordering UTility

Ragout (Reference-Assisted Genome Ordering UTility) is a tool for chromosome-level scaffolding using multiple references. Given initial assembly fragments (contigs/scaffolds) and one or multiple related references (complete or draft), it produces a chromosome-scale assembly (as a set of scaffolds).

The approach is based on the analysis of genome rearrangements (like inversions or chromosomal translocations) between the input genomes and reconstructing the most parsimonious structure of the target genome.

Ragout now supports both small and large genomes (of mammalian scale and complexity). The assembly of highly polymorphic genomes is currently limited.

Outros pacotes relacionados a ragout

• dep: libc6 (>= 2.34) [não alpha, arm64, ia64, loong64, sh4]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [loong64, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [não arm64]

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  biblioteca para determinar a cadeia de chamadas de um programa - execução

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-networkx

  tool to create, manipulate and study complex networks (Python3)

• dep: python3-six

  biblioteca de compatibilidade entre Python 2 e 3

• rec: sibelia

  comparative genomics tool

Download de ragout

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	2.3-5	2,068.7 kB	9,728.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	2.3-5	2,072.9 kB	9,659.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	2.3-5+b2	2,068.1 kB	9,664.0 kB	[lista de arquivos]
armel	2.3-5	2,063.8 kB	9,629.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	2.3-5	2,066.9 kB	9,585.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	2.3-5	2,076.1 kB	9,640.0 kB	[lista de arquivos]
i386	2.3-5	2,085.3 kB	9,673.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	2.3-5	2,090.9 kB	9,805.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	2.3-5	2,063.7 kB	9,663.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	2.3-5	2,074.2 kB	9,645.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	2.3-5	2,072.5 kB	9,801.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	2.3-5	2,078.8 kB	9,791.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	2.3-5	2,077.4 kB	9,791.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	2.3-5	2,072.2 kB	9,607.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	2.3-5	2,075.7 kB	9,683.0 kB	[lista de arquivos]
sh4 (porte não oficial)	2.3-5	2,086.8 kB	9,661.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	2.3-5	2,064.6 kB	11,523.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	2.3-5	2,072.7 kB	9,641.0 kB	[lista de arquivos]