Package: ragout (2.3-4)

[ Source: ragout  ]

Reference-Assisted Genome Ordering UTility

Ragout (Reference-Assisted Genome Ordering UTility) è uno strumento per creare scaffold a livello di cromosoma che usa riferimenti multipli. Dati dei frammenti iniziali di assemblamento (contig/scaffold) e uno o più riferimenti correlati (completi o bozze), produce un assemblato su scala di cromosoma (come insieme di scaffold).

L'approccio è basato sull'analisi di riarrangiamenti genomici (come inversioni o traslocazioni cromosomiche) tra i genomi di input e sulla ricostruzione della struttura più parsimoniosa del genoma obiettivo.

Ragout ora gestisce genomi sia piccoli sia grandi (di scala e complessità dei Mammiferi). L'assemblaggio di genomi altamente polimorfici è attualmente limitato.

Other Packages Related to ragout

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, i386, mipsel]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-networkx

  strumento per creare, manipolare e studiare reti complesse (Python 3)

• rec: sibelia

  strumento per genomica comparativa

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	2,079.3 kB	9,683.0 kB	[list of files]
arm64	2,069.5 kB	9,695.0 kB	[list of files]
armel	2,069.2 kB	9,693.0 kB	[list of files]
armhf	2,071.5 kB	9,693.0 kB	[list of files]
i386	2,089.6 kB	9,701.0 kB	[list of files]
mips64el	2,078.9 kB	9,833.0 kB	[list of files]
mipsel	2,082.0 kB	9,830.0 kB	[list of files]
ppc64el	2,083.7 kB	9,823.0 kB	[list of files]
s390x	2,071.7 kB	9,691.0 kB	[list of files]