Package: ragout (2.3-2 and others)

[ Source: ragout  ]

Reference-Assisted Genome Ordering UTility

Ragout (Reference-Assisted Genome Ordering UTility) è uno strumento per creare scaffold a livello di cromosoma che usa riferimenti multipli. Dati dei frammenti iniziali di assemblamento (contig/scaffold) e uno o più riferimenti correlati (completi o bozze), produce un assemblato su scala di cromosoma (come insieme di scaffold).

L'approccio è basato sull'analisi di riarrangiamenti genomici (come inversioni o traslocazioni cromosomiche) tra i genomi di input e sulla ricostruzione della struttura più parsimoniosa del genoma obiettivo.

Ragout ora gestisce genomi sia piccoli sia grandi (di scala e complessità dei Mammiferi). L'assemblaggio di genomi altamente polimorfici è attualmente limitato.

Other Packages Related to ragout

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.4) [not amd64, arm64, ppc64el]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, i386, mipsel]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf]

  libreria GNU Standard C++, versione 3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [not armel, armhf]

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

• dep: python3-networkx (>= 2.2)

  strumento per creare, manipolare e studiare reti complesse (Python 3)

• rec: sibelia

  strumento per genomica comparativa

Download ragout

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	2.3-2+b1	2,074.3 kB	9,683.0 kB	[list of files]
arm64	2.3-2+b1	2,068.8 kB	9,655.0 kB	[list of files]
armel	2.3-2+b1	2,069.2 kB	9,649.0 kB	[list of files]
armhf	2.3-2+b1	2,068.4 kB	9,613.0 kB	[list of files]
i386	2.3-2+b1	2,085.8 kB	9,689.0 kB	[list of files]
mips64el	2.3-2+b1	2,079.0 kB	9,721.0 kB	[list of files]
mipsel	2.3-2+b1	2,079.0 kB	9,718.0 kB	[list of files]
ppc64el	2.3-2+b1	2,084.3 kB	9,823.0 kB	[list of files]
s390x	2.3-2+b1	2,071.4 kB	9,687.0 kB	[list of files]