Package: maffilter (1.3.1+dfsg-2 and others)

[ Source: maffilter  ]

Behandl genomsammenligning i Multiple Alignment Format

MafFilter anvender en serie af »filtre« på en MAF-fil, for at rense den, udtrække data og computerstatistik mens der holdes styr på de associerede metadata såsom genomkoordinater og kvalitetsbedømmelser.

 * Kan behandle sammenligningen for at fjerne maskerede regioner i lav
   kvalitet og/eller tvetydige.
 * Kan eksportere data i en enkel eller flere sammenligningsfiler i et
   format såsom Fasta eller clustal.
 * Kan læse annotationsdata i GFF- eller GTF-format, og udtrække den
   tilsvarende sammenligning
 * Kan udføre glidende vinduesberegninger
 * Kan rekonstruere fylogeni/slægtsforskning sammen med
   genomsammenligningen.
 * Kan beregne statistik for populationsgenetik, såsom
   stedfrekvensspektrum, antallet af faste/pymorfiske steder etc.

Other Packages Related to maffilter

• dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0)

  Bibliotek for Boost.Iostreams

• dep: libbpp-core4 (>= 2.4.1)

  Bio++ Core-bibliotek

• dep: libbpp-phyl-omics3 (>= 2.4.1)

  Bio++ Phylogenetics-bibliotek - genomiske komponenter

• dep: libbpp-phyl12 (>= 2.4.1)

  Bio++ Phylogentic-bibliotek

• dep: libbpp-seq-omics3 (>= 2.4.1)

  Bio++-sekvensbibliotek: genomiske komponenter

• dep: libbpp-seq12 (>= 2.4.1)

  Bio++ Sequence-bibliotek

• dep: libc6 (>= 2.1.3) [i386]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.2) [mips64el, mipsel, s390x]

  dep: libc6 (>= 2.4) [armel, armhf]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf]

  GNU Standard C++ bibliotek v3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [not armel, armhf]

• sug: maffilter-examples

  Behandl genomsammenligning i Multiple Alignment Format - dataeksempler

Download maffilter

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1.3.1+dfsg-2+b1	255.5 kB	1,321.0 kB	[list of files]
arm64	1.3.1+dfsg-2+b1	235.9 kB	1,281.0 kB	[list of files]
armel	1.3.1+dfsg-2+b1	218.3 kB	1,148.0 kB	[list of files]
armhf	1.3.1+dfsg-2+b1	223.5 kB	1,020.0 kB	[list of files]
i386	1.3.1+dfsg-2+b1	262.6 kB	1,300.0 kB	[list of files]
mips64el	1.3.1+dfsg-2+b1	220.0 kB	1,456.0 kB	[list of files]
mipsel	1.3.1+dfsg-2+b1	222.4 kB	1,385.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.3.1+dfsg-2+b1	254.2 kB	1,433.0 kB	[list of files]
s390x	1.3.1+dfsg-2+b1	234.7 kB	1,333.0 kB	[list of files]