Paquet : vt (0.57721+ds-3 et autres)

[ Paquet source : vt  ]

ensemble d’outils pour la recherche de variants courts dans des données de séquence génétique

vt est un ensemble d’outils pour variants qui recherche les variants courts à partir de données de séquençage de nouvelle génération.

Vt-normalize est un outil pour normaliser la représentation de variants génétiques dans le fichier VCF (Variant Call Format). Cette normalisation est définie formellement sous forme de représentation cohérente de variants génétiques de manière concise et non ambigüe. Dans vt, un algorithme simple et général est mis en œuvre pour la faire appliquer.

Autres paquets associés à vt

• dep: libbz2-1.0 [sparc64]

  Bibliothèque de compression de fichiers (tri de block haute qualité)

• dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, arm64, armhf, ia64, loong64, sh4]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [loong64, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64, armhf]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libcurl3t64-gnutls (>= 7.16.2) [sparc64]

  bibliothèque de transfert par URL côté client et simple d'utilisation - avec GnuTLS

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20110809) [sparc64]

  librairie de compression au format XZ

• dep: libpcre2-8-0 (>= 10.22)

  nouvelle bibliothèque d'expressions rationnelles compatibles Perl –⋅fichiers d'exécution⋅8⋅bits

• dep: libssl3t64 (>= 3.0.0) [sparc64]

  trousse à outils SSL - bibliothèques partagées

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: libsvm3 (>= 3.21+ds) [sparc64]

  library implementing support vector machines

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: r-base-core

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: r-mathlib (>= 4.3.3) [sparc64]

  bibliothèque mathématique autonome de GNU R

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [sparc64]

  Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger vt

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	0.57721+ds-3+b1	694,3 ko	3 221,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	0.57721+ds-3+b1	821,5 ko	2 902,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	0.57721+ds-3+b2	702,6 ko	2 706,0 ko	[liste des fichiers]
armel	0.57721+ds-3+b1	637,2 ko	2 361,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	0.57721+ds-3+b2	685,8 ko	1 809,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	0.57721+ds-3+b2	695,5 ko	2 646,0 ko	[liste des fichiers]
i386	0.57721+ds-3+b1	826,5 ko	3 065,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	0.57721+ds-3+b1	906,8 ko	5 619,0 ko	[liste des fichiers]
loong64 (portage non officiel)	0.57721+ds-3+b1	688,3 ko	2 996,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	0.57721+ds-3+b2	735,5 ko	2 777,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	0.57721+ds-3+b1	604,5 ko	3 505,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	0.57721+ds-3+b1	702,2 ko	3 218,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	0.57721+ds-3+b1	726,7 ko	3 090,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	0.57721+ds-3+b2	803,1 ko	2 342,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	0.57721+ds-3+b1	757,8 ko	2 834,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	0.57721+ds-3+b2	931,7 ko	2 642,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	0.57721+ds-3+b2	597,0 ko	3 097,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	0.57721+ds-3+b1	822,2 ko	2 813,0 ko	[liste des fichiers]