Paquet : r-cran-seurat (5.2.1-3 et autres)

[ Paquet source : r-cran-seurat  ]

Tools for Single Cell Genomics

A toolkit for quality control, analysis, and exploration of single cell RNA sequencing data. 'Seurat' aims to enable users to identify and interpret sources of heterogeneity from single cell transcriptomic measurements, and to integrate diverse types of single cell data. See Satija R, Farrell J, Gennert D, et al (2015) <doi:10.1038/nbt.3192>, Macosko E, Basu A, Satija R, et al (2015) <doi:10.1016/j.cell.2015.05.002>, and Butler A and Satija R (2017) <doi:10.1101/164889> for more details.

Autres paquets associés à r-cran-seurat

• dep: libc6 (>= 2.32) [x32]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [non alpha, ia64, x32]

• dep: libc6.1 (>= 2.32) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 11) [x32]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [alpha, ia64]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [non alpha, ia64, x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-1) [x32]

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: r-cran-cluster

  paquet GNU R pour l'analyse de grappe, écrit par Rousseeuw et al.

• dep: r-cran-cowplot

  GNU R streamlined plot theme and plot annotations for 'ggplot2'

• dep: r-cran-fastdummies [non x32]

  fast creation of dummy columns and rows from categorical variables

• dep: r-cran-fitdistrplus

  support fit of parametric distribution

• dep: r-cran-future

  R package: A Future API for R

• dep: r-cran-future.apply

  apply function to elements in parallel using futures

• dep: r-cran-generics (>= 0.1.3) [non x32]

  GNU R common S3 generics not provided by base R methods

• dep: r-cran-ggplot2 (>= 3.3.0)

  implementation of the Grammar of Graphics

• dep: r-cran-ggrepel

  auto-position non-overlapping text labels in plots

• dep: r-cran-ggridges

  Ridgeline Plots in 'ggplot2'

• dep: r-cran-httr

  GNU R tools for working with URLs and HTTP

• dep: r-cran-ica

  Independent Component Analysis

• dep: r-cran-igraph

  analyse et visualisation de réseau avec GNU R

• dep: r-cran-irlba

  GNU R fast truncated SVD, PCA and symmetric eigendecomposition

• dep: r-cran-jsonlite

  Robust, High Performance JSON Parser and Generator for R

• dep: r-cran-kernsmooth

  paquet de GNU R pour le lissage et estimation de densité par noyau

• dep: r-cran-leiden (>= 0.3.1) [alpha, hppa, ia64, x32]

  implémentation de GNU R de l’algorithme de groupement Leiden

• dep: r-cran-leidenbase [non alpha, hppa, ia64, x32]

  GNU R and C/C++ Wrappers to Run the Leiden find_partition() Function

• dep: r-cran-lifecycle [non x32]

  gestion de cycle de vie pour des fonctions de paquet de GNU R

• dep: r-cran-lmtest

  paquet de GNU R pour la diagnostic des modèles de régression linéaire

• dep: r-cran-mass

  paquet GNU R pour MASS de Venables et Ripley

• dep: r-cran-matrix (>= 1.5-0)

  paquet de GNU R de classes pour les matrices denses et creuses

• dep: r-cran-matrixstats

  GNU R methods that apply to rows and columns of a matrix

• dep: r-cran-miniui

  composants graphiques d’interface utilisateur de Shiny pour petits écrans

• dep: r-cran-patchwork

  GNU R the composer of plots

• dep: r-cran-pbapply

  paquet de GNU R fournissant des barres de progression pour des fonctions de R vectorisées

• dep: r-cran-plotly (>= 4.9.0)

  create interactive web graphics via 'plotly.js' in GNU R

• dep: r-cran-png

  GNU R package to read and write PNG images

• dep: r-cran-progressr

  GNU R inclusive, unifying API for progress updates

• dep: r-cran-purrr [alpha, hppa, ia64]

  outils de GNU R pour la programmation fonctionnelle

• dep: r-cran-rann

  Fast Nearest Neighbour Search Using L2 Metric

• dep: r-cran-rcolorbrewer

  paquet de GNU R fournissant des palettes de couleurs adaptées

• dep: r-cran-rcpp (>= 1.0.7)

  GNU R package for Seamless R and C++ Integration

• dep: r-cran-rcppannoy (>= 0.0.18)

  liaisons de Rcpp pour Annoy (recherche des plus proches voisins)

• dep: r-cran-rcppeigen

  paquet de GNU R pour l’algèbre linéaire de patrons Eigen

• dep: r-cran-rcpphnsw [non x32]

  R bindings for a Library for Approximate Nearest Neighbors

• dep: r-cran-rcppprogress

  interruptible progress bar for C++ in GNU R packages

• dep: r-cran-reticulate

  R interface to Python modules, classes, and functions

• dep: r-cran-rlang

  Functions for Base Types and Core R and 'Tidyverse' Features

• dep: r-cran-rocr

  paquet de GNU R pour préparer et afficher des courbes ROC

• dep: r-cran-rspectra [non x32]

  GNU R solvers for large-scale eigenvalue and SVD problems

• dep: r-cran-rtsne

  t-SNE de GNU R utilisant l’algorithme de Barnes-Hut

• dep: r-cran-scales

  Scale functions for visualization

• dep: r-cran-scattermore (>= 0.7) [x32]

  GNU R scatterplots with more points

  dep: r-cran-scattermore (>= 1.2) [non x32]

• dep: r-cran-sctransform (>= 0.3.5) [x32]

  Variance Stabilizing Transformations for Single Cell UMI Data

  dep: r-cran-sctransform (>= 0.4.1) [non x32]

• dep: r-cran-seuratobject (>= 4.1.3) [x32]

  GNU R data structures for single cell data

  dep: r-cran-seuratobject (>= 5.0.0) [alpha, ia64]

  dep: r-cran-seuratobject (>= 5.0.2) [non alpha, ia64, x32]

• dep: r-cran-shiny

  GNU R web application framework

• dep: r-cran-spatstat.explore

  GNU R exploratory data analysis for the 'spatstat' family

• dep: r-cran-spatstat.geom

  GNU R geometrical functionality of the 'spatstat' package

• dep: r-cran-tibble

  GNU R Simple Data Frames

• dep: r-cran-uwot (>= 0.1.10) [non x32]

  GNU R uniform manifold approximation and projection (UMAP)

  dep: r-cran-uwot (>= 0.1.14) [x32]

• rec: r-bioc-biobase [non x32]

  fonctions de base pour Bioconductor

• rec: r-bioc-biocgenerics [non x32]

  generic functions for Bioconductor

• rec: r-bioc-delayedarray [non armel, armhf, i386, x32]

  BioConductor delayed operations on array-like objects

• rec: r-bioc-deseq2 [non armel, armhf, i386, x32]

  R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

• rec: r-bioc-genomeinfodb [non x32]

  BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

• rec: r-bioc-genomicranges [non armel, armhf, i386, x32]

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• rec: r-bioc-glmgampoi [non alpha, armel, armhf, hppa, i386, ia64, x32]

  GNU R fit a Gamma-Poisson generalized linear model

• rec: r-bioc-iranges [non armel, armhf, i386, x32]

  conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers

• rec: r-bioc-limma [non armel, armhf, i386, x32]

  modèles linéaires pour des données de biopuce (microarray)

• rec: r-bioc-monocle [non armel, armhf, i386, x32]

  clustering, differential expression, and trajectory analysis for RNA-Seq

• rec: r-bioc-rtracklayer [non armel, armhf, i386, x32]

  GNU R interface to genome browsers and their annotation tracks

• rec: r-bioc-s4vectors [non x32]

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• rec: r-bioc-singlecellexperiment [non x32]

  S4 Classes for Single Cell Data

• rec: r-bioc-summarizedexperiment [non x32]

  BioConductor assay container

• rec: r-cran-ape [non x32]

  paquet de GNU R pour l’analyse de phylogénie et d’évolution

• rec: r-cran-data.table [non x32]

  GNU R extension of Data.frame

• rec: r-cran-ggrastr [non x32]

  Bioconductor rasterize layers for 'ggplot2'

• rec: r-cran-hdf5r

  GNU R interface to the 'HDF5' binary data format

• rec: r-cran-metap [non x32]

  méta-analyse de valeurs de significativité

• rec: r-cran-mixtools [non x32]

  GNU R tools for analyzing finite mixture models

• rec: r-cran-r.utils [non x32]

  GNU R various programming utilities

• rec: r-cran-rsvd [non x32]

  Randomized Singular Value Decomposition

• rec: r-cran-sf (>= 1.0-0) [non alpha, hppa, ia64, x32]

  Simple Features for R

• rec: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

• rec: r-cran-vgam [non x32]

  paquet de GNU R pour l’estimation de modèle additif généralisé vectoriel

• sug: r-bioc-biobase

  fonctions de base pour Bioconductor

• sug: r-bioc-biocgenerics

  generic functions for Bioconductor

• sug: r-bioc-deseq2

  R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

• sug: r-bioc-genomeinfodb

  BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

• sug: r-bioc-genomicranges

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• sug: r-bioc-iranges

  conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers

• sug: r-bioc-limma

  modèles linéaires pour des données de biopuce (microarray)

• sug: r-bioc-monocle

  clustering, differential expression, and trajectory analysis for RNA-Seq

• sug: r-bioc-rtracklayer

  GNU R interface to genome browsers and their annotation tracks

• sug: r-bioc-s4vectors

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• sug: r-bioc-singlecellexperiment

  S4 Classes for Single Cell Data

• sug: r-bioc-summarizedexperiment

  BioConductor assay container

• sug: r-cran-ape

  paquet de GNU R pour l’analyse de phylogénie et d’évolution

• sug: r-cran-data.table

  GNU R extension of Data.frame

• sug: r-cran-ggrastr

  Bioconductor rasterize layers for 'ggplot2'

• sug: r-cran-metap

  méta-analyse de valeurs de significativité

• sug: r-cran-mixtools

  GNU R tools for analyzing finite mixture models

• sug: r-cran-r.utils

  GNU R various programming utilities

• sug: r-cran-rsvd

  Randomized Singular Value Decomposition

• sug: r-cran-vgam

  paquet de GNU R pour l’estimation de modèle additif généralisé vectoriel

Télécharger r-cran-seurat

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	5.0.1-1	3 448,8 ko	4 137,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	5.2.1-3	3 204,3 ko	4 330,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	5.2.1-3	3 182,8 ko	4 355,0 ko	[liste des fichiers]
armel	5.2.1-3	3 177,6 ko	4 290,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	5.2.1-3	3 177,5 ko	4 226,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	5.1.0-1	3 171,0 ko	4 309,0 ko	[liste des fichiers]
i386	5.2.1-3	3 203,5 ko	4 321,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	5.0.1-1	3 484,1 ko	4 397,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	5.2.1-3	3 175,8 ko	4 378,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	5.2.1-3	3 200,9 ko	4 425,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	5.2.1-3	3 220,1 ko	4 483,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	5.2.1-3	3 190,8 ko	4 210,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	5.2.1-3	3 200,3 ko	4 346,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	5.2.1-3	3 164,4 ko	4 940,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	4.3.0-1	2 990,8 ko	3 547,0 ko	[liste des fichiers]