Paquet : r-bioc-deseq2 (1.44.0+dfsg-1 et autres)

[ Paquet source : r-bioc-deseq2  ]

R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

Differential gene expression analysis based on the negative binomial distribution. Estimate variance-mean dependence in count data from high-throughput sequencing assays and test for differential expression based on a model using the negative binomial distribution.

Autres paquets associés à r-bioc-deseq2

• dep: libblas3

  implémentation de référence en algèbre linéaire de base - bibliothèque partagée

  ou libblas.so.3

  paquet virtuel fourni par libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [non alpha, ia64, riscv64, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non hppa, ia64, sh4]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgfortran5 (>= 8) [sparc64]

  bibliothèque d'exécution pour les applications Fortran GNU

• dep: liblapack3

  bibliothèque de routines algébriques version⋅3 –⋅version partagée

  ou liblapack.so.3

  paquet virtuel fourni par libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [hppa, ia64, sh4]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [non hppa, ia64, sh4, x32]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.16 [x32]

  Paquet indisponible

• dep: r-api-bioc-3.18 [hppa, ia64, sh4]

  Paquet indisponible

• dep: r-api-bioc-3.19 [non hppa, ia64, sh4, x32]

  paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-2) [x32]

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: r-bioc-biobase [hppa, ia64, sh4, x32]

  fonctions de base pour Bioconductor

  dep: r-bioc-biobase (>= 2.64.0) [non hppa, ia64, sh4, x32]

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.50.0) [non hppa, ia64, sh4, x32]

  generic functions for Bioconductor

  dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.7.5) [hppa, ia64, sh4, x32]

• dep: r-bioc-biocparallel [hppa, ia64, sh4, x32]

  BioConductor facilities for parallel evaluation

  dep: r-bioc-biocparallel (>= 1.38.0) [non hppa, ia64, sh4, x32]

• dep: r-bioc-geneplotter [x32]

  paquet de R de fonctions de tracé de données génomiques

• dep: r-bioc-genomicranges [hppa, ia64, sh4, x32]

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

  dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.56.1) [non hppa, ia64, sh4, x32]

• dep: r-bioc-iranges [hppa, ia64, sh4, x32]

  conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers

  dep: r-bioc-iranges (>= 2.38.1) [non hppa, ia64, sh4, x32]

• dep: r-bioc-matrixgenerics [hppa, ia64, sh4]

  S4 Generic Summary Statistic Functions that Operate on Matrix-Like Objects

  dep: r-bioc-matrixgenerics (>= 1.16.0) [non hppa, ia64, sh4, x32]

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.23.18) [hppa, ia64, sh4, x32]

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

  dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.42.1) [non hppa, ia64, sh4, x32]

• dep: r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.1.6) [hppa, ia64, sh4, x32]

  BioConductor assay container

  dep: r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.34.0) [non hppa, ia64, sh4, x32]

• dep: r-cran-ggplot2 [x32]

  implementation of the Grammar of Graphics

  dep: r-cran-ggplot2 (>= 3.4.0) [non x32]

• dep: r-cran-locfit

  GNU R local regression, likelihood and density estimation

• dep: r-cran-matrixstats

  GNU R methods that apply to rows and columns of a matrix

• dep: r-cran-rcpp (>= 0.11.0)

  GNU R package for Seamless R and C++ Integration

• dep: r-cran-rcpparmadillo

  GNU R package for Armadillo C++ linear algebra library

• sug: r-bioc-glmgampoi [hppa, ia64, sh4, x32]

  GNU R fit a Gamma-Poisson generalized linear model

  sug: r-bioc-glmgampoi (>= 1.16.0) [non hppa, ia64, sh4, x32]

• sug: r-bioc-tximeta [hppa, ia64, sh4, x32]

  Transcript Quantification Import with Automatic Metadata

  sug: r-bioc-tximeta (>= 1.22.1) [non hppa, ia64, sh4, x32]

• sug: r-bioc-tximport [hppa, ia64, sh4, x32]

  estimations au niveau transcription de séquences biologiques

  sug: r-bioc-tximport (>= 1.32.0) [non hppa, ia64, sh4, x32]

• sug: r-bioc-tximportdata [hppa, ia64, sh4, x32]

  quantificateurs d’abondance de transcriptions diverses avec GNU R

  sug: r-bioc-tximportdata (>= 1.32.0) [non hppa, ia64, sh4, x32]

• sug: r-cran-biocmanager

  accès au dépôt de paquets du projet Bioconductor

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-pbapply

  paquet de GNU R fournissant des barres de progression pour des fonctions de R vectorisées

• sug: r-cran-pheatmap

  GNU R package to create pretty heatmaps

• sug: r-cran-rcolorbrewer

  paquet de GNU R fournissant des palettes de couleurs adaptées

• sug: r-cran-readr

  GNU R package to read rectangular text data

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

Télécharger r-bioc-deseq2

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.44.0+dfsg-1	1 245,5 ko	1 752,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.44.0+dfsg-1	1 253,3 ko	1 740,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.44.0+dfsg-1	1 240,1 ko	1 752,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	1.42.1+dfsg-1	1 234,4 ko	1 718,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	1.42.1+dfsg-1	1 254,7 ko	1 916,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.44.0+dfsg-1	1 243,4 ko	1 760,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1.44.0+dfsg-1	1 254,1 ko	1 820,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.44.0+dfsg-1	1 253,4 ko	1 816,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.44.0+dfsg-1	1 251,0 ko	1 687,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.44.0+dfsg-1	1 254,1 ko	1 748,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1.42.1+dfsg-1	1 256,3 ko	1 738,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1.44.0+dfsg-1	1 236,9 ko	2 526,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1.38.3+dfsg-1	1 258,9 ko	1 736,0 ko	[liste des fichiers]