Paquet : r-cran-sctransform (0.4.1-1 et autres)

[ Paquet source : r-cran-sctransform  ]

Variance Stabilizing Transformations for Single Cell UMI Data

A normalization method for single-cell UMI count data using a variance stabilizing transformation. The transformation is based on a negative binomial regression model with regularized parameters. As part of the same regression framework, this package also provides functions for batch correction, and data correction. See Hafemeister and Satija 2019 <doi:10.1101/576827> for more details.

Autres paquets associés à r-cran-sctransform

• dep: libblas3 [non m68k, sh4]

  implémentation de référence en algèbre linéaire de base - bibliothèque partagée

  ou libblas.so.3

  paquet virtuel fourni par libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [non alpha, ia64, riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, s390x, x32]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [sh4]

  Paquet indisponible

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Paquet indisponible

• dep: libgfortran5 (>= 8) [sparc64]

  bibliothèque d'exécution pour les applications Fortran GNU

• dep: liblapack3 [non m68k, sh4]

  bibliothèque de routines algébriques version⋅3 –⋅version partagée

  ou liblapack.so.3

  paquet virtuel fourni par libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [non arm64, m68k, sh4]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, sh4]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: r-api-3.5 [m68k, sh4]

  Paquet indisponible

• dep: r-api-4.0 [non m68k, sh4]

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-base-core (>= 3.6.2-2) [m68k, sh4]

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: r-cran-dplyr [non m68k, sh4]

  GNU R grammar of data manipulation

• dep: r-cran-future [non m68k, sh4]

  R package: A Future API for R

• dep: r-cran-future.apply [non m68k, sh4]

  apply function to elements in parallel using futures

• dep: r-cran-ggplot2 [non m68k, sh4]

  implementation of the Grammar of Graphics

• dep: r-cran-gridextra [non m68k, sh4]

  GNU R package with extensions for the grid package

• dep: r-cran-magrittr [non m68k, sh4]

  GNU R forward-pipe operator

• dep: r-cran-mass [non m68k, sh4]

  paquet GNU R pour MASS de Venables et Ripley

• dep: r-cran-matrix (>= 1.5-0) [non m68k, sh4]

  paquet de GNU R de classes pour les matrices denses et creuses

• dep: r-cran-matrixstats [non m68k, sh4]

  GNU R methods that apply to rows and columns of a matrix

• dep: r-cran-rcpp (>= 0.11.0) [non m68k, sh4]

  GNU R package for Seamless R and C++ Integration

• dep: r-cran-rcpparmadillo [non m68k, sh4]

  GNU R package for Armadillo C++ linear algebra library

• dep: r-cran-reshape2 [non m68k, sh4]

  Flexibly reshape data: a reboot of the reshape package

• dep: r-cran-rlang [non m68k, sh4]

  Functions for Base Types and Core R and 'Tidyverse' Features

• rec: r-cran-irlba

  GNU R fast truncated SVD, PCA and symmetric eigendecomposition

• rec: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• rec: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

Télécharger r-cran-sctransform

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	0.4.1-1	482,0 ko	827,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	0.4.1-1	487,7 ko	735,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	0.4.1-1+b1	468,1 ko	752,0 ko	[liste des fichiers]
armel	0.4.1-1	478,2 ko	717,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	0.4.1-1	477,2 ko	661,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	0.4.1-1	485,2 ko	757,0 ko	[liste des fichiers]
i386	0.4.1-1	493,9 ko	753,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	0.4.1-1	503,2 ko	956,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	0.2.1-1	293,7 ko	390,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	0.4.1-1	473,5 ko	774,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	0.4.1-1	486,4 ko	831,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	0.4.1-1	484,6 ko	828,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	0.4.1-1+b1	486,0 ko	695,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	0.4.1-1	488,1 ko	751,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	0.2.1-1	297,4 ko	390,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	0.4.1-1	470,3 ko	1 538,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	0.4.1-1	487,7 ko	718,0 ko	[liste des fichiers]