Package: r-cran-seurat (5.2.1-5 and others)

[ Source: r-cran-seurat  ]

Værktøjer for enkel celle genomik

Et værktøjssæt for kvalitetskontrol, analyse og udforskning af enkel celle RNA-sekventeringsdata. »Seurat« forsøger at gøre det muligt for brugere at identificere og fortolke kilder med heterogenitet fra enkel celle transkriptomisk målinger og at integrere diverse typer af enkel celle data. Se Satija R, Farrell J, Gennert D, et al (2015) <doi:10.1038/nbt.3192>, Macosko E, Basu A, Satija R, et al (2015) <doi:10.1016/j.cell.2015.05.002>, og Butler A og Satija R (2017) <doi:10.1101/164889> for yderligere detaljer.

Other Packages Related to r-cran-seurat

• dep: libc6 (>= 2.32) [x32]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [not alpha, ia64, loong64, x32]

  dep: libc6 (>= 2.41) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC støttebibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 11) [x32]

  GNU Standard C++ bibliotek v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [not ia64, x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliotek til at bestemme call-chain for et program - kørselstid

• dep: r-api-4.0

  virtual package provided by r-base-core

• dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-1) [x32]

  GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem

• dep: r-cran-cluster

  GNU R-pakke for klyngeanalyse af Rousseeuw et al

• dep: r-cran-cowplot

  GNU R streamlined plot theme and plot annotations for 'ggplot2'

• dep: r-cran-fastdummies [not x32]

  fast creation of dummy columns and rows from categorical variables

• dep: r-cran-fitdistrplus

  Understøtter tilpasning af parametrisk distribution

• dep: r-cran-future

  R-pakke - en fremtidig API for R

• dep: r-cran-future.apply

  Anvend funktioner på elementer parallelt via futures

• dep: r-cran-generics (>= 0.1.3) [not x32]

  GNU R-fælles S3-generika ikke tilbudt af grundlæggende R-metoder

• dep: r-cran-ggplot2 (>= 3.3.0)

  Implementering af Grammar of Graphics

• dep: r-cran-ggrepel

  Automatisk positionering ikkeoverlappende tekstetiketter i plot

• dep: r-cran-ggridges

  Ridgeline-plot i »ggplot2«

• dep: r-cran-httr

  GNU R-værktøjer for arbejdet med adresser og HTTP

• dep: r-cran-ica

  Uafhængig komponentanalyse

• dep: r-cran-igraph

  GNU R-netværksanalyse og visualisering

• dep: r-cran-irlba

  GNU R-hurtig afkortet SVD, PCA og symmetrisk eigendecomposition

• dep: r-cran-jsonlite

  Robust, High Performance JSON Parser and Generator for R

• dep: r-cran-kernsmooth

  GNU R-pakke for kerneblødgørelse og tæthedsestimering

• dep: r-cran-leiden (>= 0.3.1) [hppa, ia64, x32]

  GNU R-implementering af Leiden-klyngealgoritmen

• dep: r-cran-leidenbase [not hppa, ia64, x32]

  GNU R and C/C++ Wrappers to Run the Leiden find_partition() Function

• dep: r-cran-lifecycle [not x32]

  manage the life cycle of your GNU R package functions

• dep: r-cran-lmtest

  GNU R-pakke for diagnostisk kontrol i lineære modeller

• dep: r-cran-mass

  GNU R-pakke med Venables og Ripleys MASS

• dep: r-cran-matrix (>= 1.5-0)

  GNU R-pakke til klasser for tætte matricer og matricer med få udfald

• dep: r-cran-matrixstats

  GNU R methods that apply to rows and columns of a matrix

• dep: r-cran-miniui

  Shiny-brugerfladekontroller for små skærme

• dep: r-cran-patchwork

  GNU R the composer of plots

• dep: r-cran-pbapply

  GNU R-pakker der tilbyder statusbjælker for vektoriserede R-funktioner

• dep: r-cran-plotly (>= 4.9.0)

  Opret interaktiv internetgrafik via »plotly.js« i GNU R

• dep: r-cran-png

  GNU R-pakke til at læse og skrive PNG-billeder

• dep: r-cran-progressr

  GNU R inclusive, unifying API for progress updates

• dep: r-cran-purrr [hppa, ia64]

  GNU R-funktionelle programmeringsværktøjer

• dep: r-cran-rann

  Fast Nearest Neighbour Search via L2-måling

• dep: r-cran-rcolorbrewer

  GNU R-pakke der tilbyder egnede farvepaletter

• dep: r-cran-rcpp (>= 1.0.7)

  GNU R-pakke for Seamless R og C++-integration

• dep: r-cran-rcppannoy (>= 0.0.18)

  Rcpp-bindinger for Annoy (approximate nearest neighbors)

• dep: r-cran-rcppeigen

  GNU R package for Eigen templated linear algebra

• dep: r-cran-rcpphnsw [not x32]

  R-bindinger for et bibliotek for Approximate Nearest Neighbors

• dep: r-cran-rcppprogress

  Afbrydelig statusbjælke for C++ i GNU R-pakker

• dep: r-cran-reticulate

  R-grænseflade til Pythonmoduler, klasser og funktioner

• dep: r-cran-rlang

  Funktioner for basistyper samt Core R- og »Tidyverse«-funktioner

• dep: r-cran-rocr

  GNU R-pakke til at forberede og vise ROC-kurver

• dep: r-cran-rspectra [not x32]

  GNU R solvers for large-scale eigenvalue and SVD problems

• dep: r-cran-rtsne

  GNU R - T-Distributed Stochastic Neighbor Embedding via en Barnes-Hut

• dep: r-cran-scales

  Skaler funktioner for visualisering

• dep: r-cran-scattermore (>= 0.7) [x32]

  GNU R-punktplot med flere punkter

  dep: r-cran-scattermore (>= 1.2) [not x32]

• dep: r-cran-sctransform (>= 0.3.5) [x32]

  Variance Stabilizing Transformations for Single Cell UMI-data

  dep: r-cran-sctransform (>= 0.4.1) [not x32]

• dep: r-cran-seuratobject (>= 4.1.3) [x32]

  GNU R data structures for single cell data

  dep: r-cran-seuratobject (>= 5.0.0) [ia64]

  dep: r-cran-seuratobject (>= 5.0.2) [not ia64, x32]

• dep: r-cran-shiny

  GNU R-internetprogramramme

• dep: r-cran-spatstat.explore

  GNU R - undersøgende dataanalyse for »spatstat«-familien

• dep: r-cran-spatstat.geom

  GNU R-geometrisk funktionalitet for pakken spatstat

• dep: r-cran-tibble

  GNU R - simple datarammer

• dep: r-cran-uwot (>= 0.1.10) [not x32]

  GNU R - ensartet manifold-tilnærmelse og projektion (UMAP)

  dep: r-cran-uwot (>= 0.1.14) [x32]

• rec: r-bioc-biobase [not x32]

  Grundlæggende funktioner for Bioconductor

• rec: r-bioc-biocgenerics [not x32]

  Generiske funktioner for Bioconductor

• rec: r-bioc-delayedarray [not armel, armhf, i386, x32]

  BioConductor delayed operations on array-like objects

• rec: r-bioc-deseq2 [not armel, armhf, i386, x32]

  R-pakke for RNS-Seq-differentiel udtryksanalyse

• rec: r-bioc-genomeinfodb [not x32]

  BioConductor-redskaber til at manipulere kromosomidentifikatorer

• rec: r-bioc-genomicranges [not armel, armhf, i386, x32]

  BioConductor-repræsentation og manipulation af genomiske intervaller

• rec: r-bioc-glmgampoi [not armel, armhf, hppa, i386, ia64, x32]

  GNU R - tilpas en Gamma-Poisson generaliseret lineær model

• rec: r-bioc-iranges [not armel, armhf, i386, x32]

  GNU R - containere på lavt niveau til at lagre sæt af heltalsintervaller

• rec: r-bioc-limma [not armel, armhf, i386, x32]

  Lineære modeller for microarray-data

• rec: r-bioc-monocle [not armel, armhf, i386, x32]

  clustering, differential expression, and trajectory analysis for RNA-Seq

• rec: r-bioc-rtracklayer [not armel, armhf, i386, x32]

  GNU R-grænseflade til genombrowsere og deres annotationsspor

• rec: r-bioc-s4vectors [not x32]

  BioConductor S4-implementering af vektorer og lister

• rec: r-bioc-singlecellexperiment [not x32]

  S4 Classes for Single Cell Data

• rec: r-bioc-summarizedexperiment [not x32]

  BioConductor - assay-container

• rec: r-cran-ape [not x32]

  GNU R-pakke for Analyses of Phylogenetics and Evolution

• rec: r-cran-data.table [not x32]

  GNU R-udvidelse af Data.frame

• rec: r-cran-ggrastr [not x32]

  Bioconductor - rasterize-lag for »ggplot2«

• rec: r-cran-hdf5r

  GNU R interface to the 'HDF5' binary data format

• rec: r-cran-metap [not x32]

  Metaanalyse af signifikansværdier

• rec: r-cran-mixtools [not x32]

  GNU R-værktøjer til at analysere finitte mixture-modeller

• rec: r-cran-r.utils [not x32]

  GNU R - diverse programmeringsredskaber

• rec: r-cran-rsvd [not x32]

  Randomiseret singular værdidekomponering

• rec: r-cran-sf (>= 1.0-0) [not hppa, ia64, x32]

  Simple funktioner for R

• rec: r-cran-testthat

  GNU R-testpakke

• rec: r-cran-vgam [not x32]

  GNU R-pakke for estimering af vektorgeneraliserede additive modeller

• sug: r-bioc-biobase

  Grundlæggende funktioner for Bioconductor

• sug: r-bioc-biocgenerics

  Generiske funktioner for Bioconductor

• sug: r-bioc-deseq2

  R-pakke for RNS-Seq-differentiel udtryksanalyse

• sug: r-bioc-genomeinfodb

  BioConductor-redskaber til at manipulere kromosomidentifikatorer

• sug: r-bioc-genomicranges

  BioConductor-repræsentation og manipulation af genomiske intervaller

• sug: r-bioc-iranges

  GNU R - containere på lavt niveau til at lagre sæt af heltalsintervaller

• sug: r-bioc-limma

  Lineære modeller for microarray-data

• sug: r-bioc-monocle

  clustering, differential expression, and trajectory analysis for RNA-Seq

• sug: r-bioc-rtracklayer

  GNU R-grænseflade til genombrowsere og deres annotationsspor

• sug: r-bioc-s4vectors

  BioConductor S4-implementering af vektorer og lister

• sug: r-bioc-singlecellexperiment

  S4 Classes for Single Cell Data

• sug: r-bioc-summarizedexperiment

  BioConductor - assay-container

• sug: r-cran-ape

  GNU R-pakke for Analyses of Phylogenetics and Evolution

• sug: r-cran-data.table

  GNU R-udvidelse af Data.frame

• sug: r-cran-ggrastr

  Bioconductor - rasterize-lag for »ggplot2«

• sug: r-cran-metap

  Metaanalyse af signifikansværdier

• sug: r-cran-mixtools

  GNU R-værktøjer til at analysere finitte mixture-modeller

• sug: r-cran-r.utils

  GNU R - diverse programmeringsredskaber

• sug: r-cran-rsvd

  Randomiseret singular værdidekomponering

• sug: r-cran-vgam

  GNU R-pakke for estimering af vektorgeneraliserede additive modeller

Download r-cran-seurat

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	5.2.1-5	3,180.6 kB	4,356.0 kB	[list of files]
amd64	5.2.1-5	3,204.1 kB	4,330.0 kB	[list of files]
arm64	5.2.1-5	3,182.5 kB	4,291.0 kB	[list of files]
armel	5.2.1-5	3,177.5 kB	4,290.0 kB	[list of files]
armhf	5.2.1-5	3,177.6 kB	4,226.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	5.1.0-1	3,171.0 kB	4,309.0 kB	[list of files]
i386	5.2.1-5	3,203.2 kB	4,321.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	5.0.1-1	3,484.1 kB	4,397.0 kB	[list of files]
loong64 (unofficial port)	5.2.1-5	3,182.9 kB	4,288.0 kB	[list of files]
mips64el	5.2.1-5	3,175.9 kB	4,378.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	5.2.1-5	3,200.9 kB	4,425.0 kB	[list of files]
ppc64el	5.2.1-5	3,220.0 kB	4,483.0 kB	[list of files]
riscv64	5.2.1-5	3,190.6 kB	4,210.0 kB	[list of files]
s390x	5.2.1-5	3,200.2 kB	4,346.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	5.2.1-5	3,164.3 kB	4,940.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	4.3.0-1	2,990.8 kB	3,547.0 kB	[list of files]