Paquet : r-bioc-grohmm (1.40.3-2 et autres)

[ Paquet source : r-bioc-grohmm  ]

GRO-seq Analysis Pipeline

This BioConductor package provides a pipeline for the analysis of GRO- seq data. Among the more advanced features, r-bioc-grohmm predicts the boundaries of transcriptional activity across the genome de novo using a two-state hidden Markov model (HMM).

The used model essentially divides the genome into transcribed and non- transcribed regions in a strand specific manner. HMMs are used to identify the leading edge of Pol II at genes activated by a stimulus in GRO-seq time course data. This approach allows the genome-wide interrogation of transcription rates in cells.

Autres paquets associés à r-bioc-grohmm

• dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.2) [hppa]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.4) [amd64, mips64el, ppc64, s390x]

• dep: libc6.1 (>= 2.1.3) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.16 [x32]

  Paquet indisponible

• dep: r-api-bioc-3.18 [hppa, ia64, sh4]

  Paquet indisponible

• dep: r-api-bioc-3.20 [non hppa, ia64, sh4, x32]

  paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-1) [x32]

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: r-bioc-genomeinfodb

  BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

• dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.15.6)

  BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.31.8)

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.13.12)

  conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers

• dep: r-bioc-rtracklayer (>= 1.39.7)

  GNU R interface to genome browsers and their annotation tracks

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.17.25)

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-cran-mass

  paquet GNU R pour MASS de Venables et Ripley

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-edger

  analyse empirique de données numériques d’expressions de gène avec R

• sug: r-bioc-genomicfeatures

  GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations

• sug: r-bioc-org.hs.eg.db

  genome-wide annotation for Human

Télécharger r-bioc-grohmm

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.40.3-2	4 350,6 ko	4 529,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.40.3-2	4 350,3 ko	4 521,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.40.3-2	4 348,4 ko	4 529,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	1.36.0-1	4 343,5 ko	4 516,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	1.36.0-1	4 349,2 ko	4 558,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.40.3-2	4 348,4 ko	4 532,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1.40.3-2	4 354,0 ko	4 594,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.40.3-2	4 353,9 ko	4 529,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.40.3-2	4 349,9 ko	4 505,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.40.3-2	4 351,5 ko	4 521,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1.36.0-1	4 344,3 ko	4 522,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1.32.0-1	4 332,9 ko	4 498,0 ko	[liste des fichiers]