[ Источник: r-bioc-grohmm ]
Пакет: r-bioc-grohmm (1.38.0-1 и другие)
Ссылки для r-bioc-grohmm
Ресурсы Debian:
- Сообщения об ошибках
- Developer Information
- Debian журнал изменений
- Файл авторских прав
- Отслеживание заплат Debian
Исходный код r-bioc-grohmm:
- [r-bioc-grohmm_1.38.0-1.dsc]
- [r-bioc-grohmm_1.38.0.orig.tar.gz]
- [r-bioc-grohmm_1.38.0-1.debian.tar.xz]
Сопровождающие:
Внешние ресурсы:
- Сайт [bioconductor.org]
Подобные пакеты:
GRO-seq Analysis Pipeline
This BioConductor package provides a pipeline for the analysis of GRO- seq data. Among the more advanced features, r-bioc-grohmm predicts the boundaries of transcriptional activity across the genome de novo using a two-state hidden Markov model (HMM).
The used model essentially divides the genome into transcribed and non- transcribed regions in a strand specific manner. HMMs are used to identify the leading edge of Pol II at genes activated by a stimulus in GRO-seq time course data. This approach allows the genome-wide interrogation of transcription rates in cells.
Другие пакеты, относящиеся к r-bioc-grohmm
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.16) [x32]
- библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]
- dep: libc6 (>= 2.2) [hppa]
- dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]
- dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
- dep: libc6 (>= 2.4) [amd64, mips64el, ppc64, s390x]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.1.3) [alpha]
- библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
-
- dep: r-api-4.0
- виртуальный пакет, предоставляемый r-base-core
-
- dep: r-api-bioc-3.16 [x32]
- Пакет недоступен
-
- dep: r-api-bioc-3.18 [hppa, ia64, sh4]
- Пакет недоступен
-
- dep: r-api-bioc-3.19 [не hppa, ia64, sh4, x32]
- виртуальный пакет, предоставляемый r-bioc-biocgenerics
-
- dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-1) [x32]
- GNU R core of statistical computation and graphics system
-
- dep: r-bioc-genomeinfodb [hppa, ia64, sh4, x32]
- BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers
- dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.40.1) [не hppa, ia64, sh4, x32]
-
- dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.15.6) [hppa, ia64, sh4, x32]
- BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments
- dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.40.0) [не hppa, ia64, sh4, x32]
-
- dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.31.8) [hppa, ia64, sh4, x32]
- BioConductor representation and manipulation of genomic intervals
- dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.56.1) [не hppa, ia64, sh4, x32]
-
- dep: r-bioc-iranges (>= 2.13.12) [hppa, ia64, sh4, x32]
- GNU R low-level containers for storing sets of integer ranges
- dep: r-bioc-iranges (>= 2.38.1) [не hppa, ia64, sh4, x32]
-
- dep: r-bioc-rtracklayer (>= 1.39.7) [hppa, ia64, sh4, x32]
- GNU R interface to genome browsers and their annotation tracks
- dep: r-bioc-rtracklayer (>= 1.64.0) [не hppa, ia64, sh4, x32]
-
- dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.17.25) [hppa, ia64, sh4, x32]
- BioConductor S4 implementation of vectors and lists
- dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.42.1) [не hppa, ia64, sh4, x32]
-
- dep: r-cran-mass
- GNU R package of Venables and Ripley's MASS
-
- sug: r-bioc-biocstyle [hppa, ia64, sh4, x32]
- standard styles for vignettes and other Bioconductor documents
- sug: r-bioc-biocstyle (>= 2.32.1) [не hppa, ia64, sh4, x32]
-
- sug: r-bioc-edger [hppa, ia64, sh4, x32]
- Empirical analysis of digital gene expression data in R
- sug: r-bioc-edger (>= 4.2.1) [не hppa, ia64, sh4, x32]
-
- sug: r-bioc-genomicfeatures [hppa, ia64, sh4, x32]
- GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations
- sug: r-bioc-genomicfeatures (>= 1.56.0) [не hppa, ia64, sh4, x32]
-
- sug: r-bioc-org.hs.eg.db [hppa, ia64, sh4, x32]
- genome-wide annotation for Human
- sug: r-bioc-org.hs.eg.db (>= 3.19.1) [не hppa, ia64, sh4, x32]
Загрузка r-bioc-grohmm
| Архитектура | Версия | Размер пакета | В установленном виде | Файлы |
|---|---|---|---|---|
| alpha (неофициальный перенос) | 1.38.0-1 | 4 345,0 Кб | 4 523,0 Кб | [список файлов] |
| amd64 | 1.38.0-1 | 4 344,9 Кб | 4 515,0 Кб | [список файлов] |
| arm64 | 1.38.0-1 | 4 342,8 Кб | 4 523,0 Кб | [список файлов] |
| hppa (неофициальный перенос) | 1.36.0-1 | 4 343,5 Кб | 4 516,0 Кб | [список файлов] |
| ia64 (неофициальный перенос) | 1.36.0-1 | 4 349,2 Кб | 4 558,0 Кб | [список файлов] |
| mips64el | 1.38.0-1 | 4 342,9 Кб | 4 526,0 Кб | [список файлов] |
| ppc64 (неофициальный перенос) | 1.38.0-1 | 4 347,8 Кб | 4 588,0 Кб | [список файлов] |
| ppc64el | 1.38.0-1 | 4 348,2 Кб | 4 523,0 Кб | [список файлов] |
| riscv64 | 1.38.0-1 | 4 344,5 Кб | 4 499,0 Кб | [список файлов] |
| s390x | 1.38.0-1 | 4 346,0 Кб | 4 515,0 Кб | [список файлов] |
| sh4 (неофициальный перенос) | 1.36.0-1 | 4 344,3 Кб | 4 522,0 Кб | [список файлов] |
| x32 (неофициальный перенос) | 1.32.0-1 | 4 332,9 Кб | 4 498,0 Кб | [список файлов] |