Paket: r-bioc-grohmm (1.40.3-2 und andere)

[ Quellcode: r-bioc-grohmm  ]

GRO-seq Analysis Pipeline

This BioConductor package provides a pipeline for the analysis of GRO- seq data. Among the more advanced features, r-bioc-grohmm predicts the boundaries of transcriptional activity across the genome de novo using a two-state hidden Markov model (HMM).

The used model essentially divides the genome into transcribed and non- transcribed regions in a strand specific manner. HMMs are used to identify the leading edge of Pol II at genes activated by a stimulus in GRO-seq time course data. This approach allows the genome-wide interrogation of transcription rates in cells.

Andere Pakete mit Bezug zu r-bioc-grohmm

• dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

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  dep: libc6 (>= 2.2) [hppa]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.4) [amd64, mips64el, ppc64, s390x]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.1.3) [alpha]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

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  Paket nicht verfügbar

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• sug: r-bioc-genomicfeatures

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• sug: r-bioc-org.hs.eg.db

  genome-wide annotation for Human

r-bioc-grohmm herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	1.40.3-2	4.350,6 kB	4.529,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	1.40.3-2	4.350,3 kB	4.521,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	1.40.3-2	4.348,4 kB	4.529,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	1.36.0-1	4.343,5 kB	4.516,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	1.36.0-1	4.349,2 kB	4.558,0 kB	[Liste der Dateien]
loong64 (inoffizielle Portierung)	1.40.3-2	4.349,4 kB	4.529,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	1.40.3-2	4.348,4 kB	4.532,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	1.40.3-2	4.354,0 kB	4.594,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	1.40.3-2	4.353,9 kB	4.529,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	1.40.3-2	4.349,9 kB	4.505,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	1.40.3-2	4.351,5 kB	4.521,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	1.36.0-1	4.344,3 kB	4.522,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	1.32.0-1	4.332,9 kB	4.498,0 kB	[Liste der Dateien]