Paquet : r-bioc-grohmm (1.38.0-1)

[ Paquet source : r-bioc-grohmm  ]

GRO-seq Analysis Pipeline

This BioConductor package provides a pipeline for the analysis of GRO- seq data. Among the more advanced features, r-bioc-grohmm predicts the boundaries of transcriptional activity across the genome de novo using a two-state hidden Markov model (HMM).

The used model essentially divides the genome into transcribed and non- transcribed regions in a strand specific manner. HMMs are used to identify the leading edge of Pol II at genes activated by a stimulus in GRO-seq time course data. This approach allows the genome-wide interrogation of transcription rates in cells.

Autres paquets associés à r-bioc-grohmm

• dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [amd64, mips64el, s390x]

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.19

  paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.40.1)

  BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

• dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.40.0)

  BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.56.1)

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.38.1)

  conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers

• dep: r-bioc-rtracklayer (>= 1.64.0)

  GNU R interface to genome browsers and their annotation tracks

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.42.1)

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-cran-mass

  paquet GNU R pour MASS de Venables et Ripley

• sug: r-bioc-biocstyle (>= 2.32.1)

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-edger (>= 4.2.1)

  analyse empirique de données numériques d’expressions de gène avec R

• sug: r-bioc-genomicfeatures (>= 1.56.0)

  GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations

• sug: r-bioc-org.hs.eg.db (>= 3.19.1)

  genome-wide annotation for Human

Télécharger r-bioc-grohmm

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	4 344,9 ko	4 515,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	4 342,8 ko	4 523,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	4 342,9 ko	4 526,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	4 348,2 ko	4 523,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	4 344,5 ko	4 499,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	4 346,0 ko	4 515,0 ko	[liste des fichiers]