Pakiet: r-bioc-grohmm (1.38.0-1 i inne)
Odnośniki dla r-bioc-grohmm
Zasoby systemu Debian:
- Raporty o błędach
- Developer Information
- Dziennik zmian w systemie Debian
- Informacje nt. praw autorskich
- Śledzenie łatek systemu Debian
Pobieranie pakietu źródłowego r-bioc-grohmm:
- [r-bioc-grohmm_1.38.0-1.dsc]
- [r-bioc-grohmm_1.38.0.orig.tar.gz]
- [r-bioc-grohmm_1.38.0-1.debian.tar.xz]
Opiekunowie:
Zasoby zewnętrzne:
- Strona internetowa [bioconductor.org]
Podobne pakiety:
GRO-seq Analysis Pipeline
This BioConductor package provides a pipeline for the analysis of GRO- seq data. Among the more advanced features, r-bioc-grohmm predicts the boundaries of transcriptional activity across the genome de novo using a two-state hidden Markov model (HMM).
The used model essentially divides the genome into transcribed and non- transcribed regions in a strand specific manner. HMMs are used to identify the leading edge of Pol II at genes activated by a stimulus in GRO-seq time course data. This approach allows the genome-wide interrogation of transcription rates in cells.
Inne pakiety związane z r-bioc-grohmm
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.16) [x32]
- Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]
- dep: libc6 (>= 2.2) [hppa]
- dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]
- dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
- dep: libc6 (>= 2.4) [amd64, mips64el, ppc64, s390x]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.1.3) [alpha]
- Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
-
- dep: r-api-4.0
- pakiet wirtualny udostępniany przez r-base-core
-
- dep: r-api-bioc-3.16 [x32]
- Pakiet niedostępny
-
- dep: r-api-bioc-3.18 [hppa, ia64, sh4]
- Pakiet niedostępny
-
- dep: r-api-bioc-3.19 [nie hppa, ia64, sh4, x32]
- pakiet wirtualny udostępniany przez r-bioc-biocgenerics
-
- dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-1) [x32]
- GNU R core of statistical computation and graphics system
-
- dep: r-bioc-genomeinfodb [hppa, ia64, sh4, x32]
- BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers
- dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.40.1) [nie hppa, ia64, sh4, x32]
-
- dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.15.6) [hppa, ia64, sh4, x32]
- BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments
- dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.40.0) [nie hppa, ia64, sh4, x32]
-
- dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.31.8) [hppa, ia64, sh4, x32]
- BioConductor representation and manipulation of genomic intervals
- dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.56.1) [nie hppa, ia64, sh4, x32]
-
- dep: r-bioc-iranges (>= 2.13.12) [hppa, ia64, sh4, x32]
- GNU R low-level containers for storing sets of integer ranges
- dep: r-bioc-iranges (>= 2.38.1) [nie hppa, ia64, sh4, x32]
-
- dep: r-bioc-rtracklayer (>= 1.39.7) [hppa, ia64, sh4, x32]
- GNU R interface to genome browsers and their annotation tracks
- dep: r-bioc-rtracklayer (>= 1.64.0) [nie hppa, ia64, sh4, x32]
-
- dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.17.25) [hppa, ia64, sh4, x32]
- BioConductor S4 implementation of vectors and lists
- dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.42.1) [nie hppa, ia64, sh4, x32]
-
- dep: r-cran-mass
- GNU R package of Venables and Ripley's MASS
-
- sug: r-bioc-biocstyle [hppa, ia64, sh4, x32]
- standard styles for vignettes and other Bioconductor documents
- sug: r-bioc-biocstyle (>= 2.32.1) [nie hppa, ia64, sh4, x32]
-
- sug: r-bioc-edger [hppa, ia64, sh4, x32]
- Empirical analysis of digital gene expression data in R
- sug: r-bioc-edger (>= 4.2.1) [nie hppa, ia64, sh4, x32]
-
- sug: r-bioc-genomicfeatures [hppa, ia64, sh4, x32]
- GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations
- sug: r-bioc-genomicfeatures (>= 1.56.0) [nie hppa, ia64, sh4, x32]
-
- sug: r-bioc-org.hs.eg.db [hppa, ia64, sh4, x32]
- genome-wide annotation for Human
- sug: r-bioc-org.hs.eg.db (>= 3.19.1) [nie hppa, ia64, sh4, x32]
Pobieranie r-bioc-grohmm
Architektura | Wersja | Rozmiar pakietu | Rozmiar po instalacji | Pliki |
---|---|---|---|---|
alpha (port nieoficjalny) | 1.38.0-1 | 4 345,0 KiB | 4 523,0 KiB | [lista plików] |
amd64 | 1.38.0-1 | 4 344,9 KiB | 4 515,0 KiB | [lista plików] |
arm64 | 1.38.0-1 | 4 342,8 KiB | 4 523,0 KiB | [lista plików] |
hppa (port nieoficjalny) | 1.36.0-1 | 4 343,5 KiB | 4 516,0 KiB | [lista plików] |
ia64 (port nieoficjalny) | 1.36.0-1 | 4 349,2 KiB | 4 558,0 KiB | [lista plików] |
mips64el | 1.38.0-1 | 4 342,9 KiB | 4 526,0 KiB | [lista plików] |
ppc64 (port nieoficjalny) | 1.38.0-1 | 4 347,8 KiB | 4 588,0 KiB | [lista plików] |
ppc64el | 1.38.0-1 | 4 348,2 KiB | 4 523,0 KiB | [lista plików] |
riscv64 | 1.38.0-1 | 4 344,5 KiB | 4 499,0 KiB | [lista plików] |
s390x | 1.38.0-1 | 4 346,0 KiB | 4 515,0 KiB | [lista plików] |
sh4 (port nieoficjalny) | 1.36.0-1 | 4 344,3 KiB | 4 522,0 KiB | [lista plików] |
x32 (port nieoficjalny) | 1.32.0-1 | 4 332,9 KiB | 4 498,0 KiB | [lista plików] |