Paquet : r-bioc-edger (4.2.1+dfsg-1 et autres)

[ Paquet source : r-bioc-edger  ]

analyse empirique de données numériques d’expressions de gène avec R

Il s’agit d’un paquet de Bioconductor pour l’analyse différentielle des expressions de tout le séquençage du transcriptome (RNA-seq) et des profils numériques d’expressions de gène avec réplication biologique. Il utilise l’estimation empirique de Bayes et des tests exacts basés sur la loi binomiale négative. Il est aussi utile pour l’analyse différentielle de signaux avec d’autres types de données de dénombrement à l’échelle du génome.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::r, interface::commandline, Rôle: Programme

Autres paquets associés à r-bioc-edger

• dep: libblas3

  implémentation de référence en algèbre linéaire de base - bibliothèque partagée

  ou libblas.so.3

  paquet virtuel fourni par libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [non alpha, ia64, riscv64, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non hppa, ia64, m68k, sh4]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgfortran5 (>= 8) [sparc64]

  bibliothèque d'exécution pour les applications Fortran GNU

• dep: liblapack3

  bibliothèque de routines algébriques version⋅3 –⋅version partagée

  ou liblapack.so.3

  paquet virtuel fourni par libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [non hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.18 [hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  Paquet indisponible

• dep: r-api-bioc-3.19 [non hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-limma (>= 3.41.5) [hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  modèles linéaires pour des données de biopuce (microarray)

  dep: r-bioc-limma (>= 3.60.3) [non hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

• dep: r-cran-locfit

  GNU R local regression, likelihood and density estimation

• dep: r-cran-rcpp

  GNU R package for Seamless R and C++ Integration

• sug: r-bioc-annotationdbi [hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  GNU R Annotation Database Interface pour BioConductor

  sug: r-bioc-annotationdbi (>= 1.66.0) [non hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

• sug: r-bioc-biobase [hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  fonctions de base pour Bioconductor

  sug: r-bioc-biobase (>= 2.64.0) [non hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

• sug: r-bioc-biocstyle [hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

  sug: r-bioc-biocstyle (>= 2.32.1) [non hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

• sug: r-bioc-org.hs.eg.db [hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  genome-wide annotation for Human

  sug: r-bioc-org.hs.eg.db (>= 3.19.1) [non hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

• sug: r-bioc-rhdf5 [hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  BioConductor HDF5 interface to R

  sug: r-bioc-rhdf5 (>= 2.48.0) [non hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

• sug: r-bioc-summarizedexperiment [hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  BioConductor assay container

  sug: r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.34.0) [non hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

• sug: r-cran-jsonlite

  Robust, High Performance JSON Parser and Generator for R

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-matrix

  paquet de GNU R de classes pour les matrices denses et creuses

• sug: r-cran-readr

  GNU R package to read rectangular text data

• sug: r-cran-seuratobject

  GNU R data structures for single cell data

Télécharger r-bioc-edger

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	4.2.1+dfsg-1	1 140,3 ko	1 588,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	4.2.1+dfsg-1	1 154,0 ko	1 520,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	4.2.1+dfsg-1	1 137,3 ko	1 524,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	4.0.16+dfsg-1	1 113,3 ko	1 522,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	4.0.16+dfsg-1	1 136,4 ko	1 806,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	4.0.16+dfsg-1	1 100,6 ko	1 432,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	4.2.1+dfsg-1	1 131,8 ko	1 625,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	4.2.1+dfsg-1	1 155,3 ko	1 655,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	4.2.1+dfsg-1	1 152,4 ko	1 588,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	4.2.1+dfsg-1	1 152,8 ko	1 459,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	4.2.1+dfsg-1	1 152,8 ko	1 524,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	4.0.16+dfsg-1	1 129,7 ko	1 493,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	4.2.1+dfsg-1	1 127,0 ko	2 234,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	4.0.16+dfsg-1	1 119,8 ko	1 451,0 ko	[liste des fichiers]