Package: last-align (963-2)

[ Source: last-align  ]

sammenligning af biologisk sekvenser på genom-skala

LAST er programmel til sammenligning og justering af sekvenser, typisk DNA- eller protein-sekvenser. LAST ligner BLAST, men det er bedre til at håndtere meget store mængder af sekvensdata. Her er to ting som LAST er god til:

 * Sammenligning af store (eksempelvis pattedyrs) genomer.
 * Kortlægge masser af sekvens-mærker oven på et genom.

Den primære, tekniske innovation er at LAST finder indledende samstemmende forekomster, baseret på deres mangfoldighed, i stedet for at benytte en fast størrelse (BLAST bruger eksempelvis 10-mers). Dette gør, at man kan kortlægge mærker til genomer, uden gentagelsesmaskering (eng. »repeat- masking«), uden at blive overvældet af gentagne forekomster. For at finde disse forekomster som har forskellige størrelser, så bruger den en suffiks- række (inspireret af Vmatch). For at opnå høj følsomhed, så bruger den en usammenhængende suffiks-række, der er en analog til frø som placeres med mellemrum.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Role: Program

Other Packages Related to last-align

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [armhf, i386]

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [amd64, arm64]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]

  dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [i386]

• dep: libstdc++6 (>= 6)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: parallel

  Byg og afvikl kommandolinjer fra standardind parallelt

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• rec: python

  Interaktivt objektorienteret sprog på højt niveau - Python 2-version

• rec: python-pil

  Python Imaging Library - Pillow-forgrening

Download last-align

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	737.1 kB	3,543.0 kB	[list of files]
arm64	634.1 kB	3,139.0 kB	[list of files]
armhf	576.2 kB	2,443.0 kB	[list of files]
i386	670.8 kB	3,655.0 kB	[list of files]