Package: freecontact (1.0.21-14 and others)

[ Source: freecontact  ]

Hurtig protein-kontaktprædiktor

FreeContact er en protein-kontaktrestprædiktor optimeret til hastighed. Dens indgang er en flersekvensopstilling. FreeContact kan fungere som en accelereret erstatning for de offentliggjorte kontaktprædiktorer EVfold-mfDCA af DS. Marks (2011) og PSICOV af D. Jones (2011).

FreeContact accelereres af en kombination af vektorinstruktioner, flere tråde og hurtigere gennemførelse af centrale dele. Afhængig af opstillingen er 8-fold eller højere hastighedsforøgelser mulige.

En tilstrækkelig stor tilpasning er påkrævet for meningsfulde resultater. Som minimum bør en opstilling med et effektivt (efter-vægtning) sekvensantal større end længden af søgesekvensen anvendes. Opstillinger med titusinder af (effektive) sekvenser betragtes som gode inddata.

Jackhmmer(1) fra hmmer-pakken eller hhblits(1) fra hhsuite kan anvendes til at oprette opstillingerne, f.eks.

Denne pakke indeholder kommandolinjeværktøjet freecontact(1).

Other Packages Related to freecontact

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0)

  bibliotek til programindstillinger for C++

• dep: libc6 (>= 2.38) [not alpha, ia64, sh4]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.39) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libfreecontact0t64 (>= 1.0.21)

  Hurtig protein-kontaktprædiktor - bibliotek

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC støttebibliotek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC støttebibliotek

• dep: libgomp1 (>= 4.2.1) [sparc64]

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]

  GNU Standard C++ bibliotek v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [not ia64, m68k]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliotek til at bestemme call-chain for et program - kørselstid

• dep: libxerces-c3.2t64

  validating XML parser library for C++

• dep: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• sug: bash-completion

  Programmerbar færdiggørelse for bashskallen

• sug: hhsuite

  Sensitiv proteinsekvenssøgning baseret på HMM-HMM-sammenligning

• sug: hmmer

  Profilskjulte Markov-modeller for proteinsekvensanalyse

Download freecontact

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	1.0.21-14	341.0 kB	1,963.0 kB	[list of files]
amd64	1.0.21-14	372.1 kB	1,786.0 kB	[list of files]
arm64	1.0.21-14	335.0 kB	1,826.0 kB	[list of files]
armel	1.0.21-14	321.2 kB	1,625.0 kB	[list of files]
armhf	1.0.21-14	325.4 kB	1,325.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	1.0.21-14+b1	338.7 kB	1,804.0 kB	[list of files]
i386	1.0.21-14	381.4 kB	1,809.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	1.0.21-13.1+b1	370.9 kB	2,762.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	1.0.21-14	365.9 kB	1,825.0 kB	[list of files]
mips64el	1.0.21-14	352.7 kB	2,442.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	1.0.21-14	362.7 kB	2,338.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.0.21-14	362.5 kB	2,082.0 kB	[list of files]
riscv64	1.0.21-14	358.2 kB	1,510.0 kB	[list of files]
s390x	1.0.21-14	345.7 kB	1,778.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	1.0.21-14	394.3 kB	1,762.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	1.0.21-14	304.7 kB	2,662.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	1.0.21-14	375.2 kB	1,705.0 kB	[list of files]