パッケージ: freecontact (1.0.21-14 など)

[ ソース: freecontact  ]

fast protein contact predictor

FreeContact is a protein residue contact predictor optimized for speed. Its input is a multiple sequence alignment. FreeContact can function as an accelerated drop-in for the published contact predictors EVfold-mfDCA of DS. Marks (2011) and PSICOV of D. Jones (2011).

FreeContact is accelerated by a combination of vector instructions, multiple threads, and faster implementation of key parts. Depending on the alignment, 8-fold or higher speedups are possible.

A sufficiently large alignment is required for meaningful results. As a minimum, an alignment with an effective (after-weighting) sequence count bigger than the length of the query sequence should be used. Alignments with tens of thousands of (effective) sequences are considered good input.

jackhmmer(1) from the hmmer package, or hhblits(1) from hhsuite can be used to generate the alignments, for example.

This package contains the command line tool freecontact(1).

その他の freecontact 関連パッケージ

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0)

  C++ 用プログラムオプションライブラリ

• dep: libc6 (>= 2.38) [alpha, ia64, sh4 以外]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.39) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libfreecontact0t64 (>= 1.0.21)

  fast protein contact predictor library

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgomp1 (>= 4.2.1) [sparc64]

  GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [ia64, m68k 以外]

• dep: libunwind8 [ia64]

  プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版

• dep: libxerces-c3.2t64

  validating XML parser library for C++

• dep: perl

  Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語

• sug: bash-completion

  bash シェル用のプログラム可能な補完機能

• sug: hhsuite

  sensitive protein sequence searching based on HMM-HMM alignment

• sug: hmmer

  タンパク質配列解析用のプロファイル隠れマルコフモデル

freecontact のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	1.0.21-14	341.0 kB	1,963.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	1.0.21-14	372.1 kB	1,786.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	1.0.21-14	335.0 kB	1,826.0 kB	[ファイル一覧]
armel	1.0.21-14	321.2 kB	1,625.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	1.0.21-14	325.4 kB	1,325.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	1.0.21-14	338.9 kB	1,803.0 kB	[ファイル一覧]
i386	1.0.21-14	381.4 kB	1,809.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	1.0.21-13.1+b1	370.9 kB	2,762.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	1.0.21-14	365.9 kB	1,825.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	1.0.21-14	352.7 kB	2,442.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	1.0.21-14	362.7 kB	2,338.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	1.0.21-14	362.5 kB	2,082.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	1.0.21-14	358.2 kB	1,510.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	1.0.21-14	345.7 kB	1,778.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	1.0.21-14	394.3 kB	1,762.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	1.0.21-14	304.7 kB	2,662.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	1.0.21-14	375.2 kB	1,705.0 kB	[ファイル一覧]