Package: hhsuite (3.3.0+ds-8 and others)

[ Source: hhsuite  ]

Sensitiv proteinsekvenssøgning baseret på HMM-HMM-sammenligning

HH-suite er en programpakke, udviklet i åben kildekode, for sensitiv proteinsekvenssøgning baseret på parvis sammenligning af skjulte Markov-modeller (HMM'er).

Denne pakke indeholder HHsearch og HHblits blandt andre programmer og redskaber.

HHsearch bruger som inddata flere sekvenssammenligninger (MSA) eller profil-HMM og søger i en database med HMM'er (f.eks. PDB, Pfam eller InterPro) for homologe proteriner. HHserarch bruges ofte for proteinstrukturforudsigelse til at detektere homologe skabeloner og til at bygge meget præcise forespørgsels-skabelon parvise sammenligninger for homolog modellering.

HHblits kan bygge højkvalitets MSA'er der starter fra enkelte sekvenser eller fra MSA'er. Den transformerer disse til en forespørgsels-HMM og via en iterativ søgningsstrategi tilføjes signifikant lignende sekvenser fra den forrige søgning til den opdaterede forespørgsels-HMM for den næste søgeiteration. Sammenlignet med PSI-BLAST er HHblits hurtigere, op til dobbelt så sensitiv og programmet laver mere præcise sammenligninger.

Other Packages Related to hhsuite

• dep: ffindex (>= 0.9.9.8) [hppa, ppc64, sparc64]

  Simpelt indeks/database for store mængder af små filer

• dep: hhsuite-data (= 3.3.0+ds-2) [hppa, ppc64, sparc64]

  Sensitiv protein-sekvenssøgning baseret på HMM-HMM-justering - data

  dep: hhsuite-data (= 3.3.0+ds-8) [not hppa, ppc64, sparc64]

• dep: libc6 (>= 2.29) [hppa, ppc64, sparc64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [not alpha, hppa, ia64, ppc64, sh4, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, x32]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC støttebibliotek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC støttebibliotek

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]

  GNU Standard C++ bibliotek v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [not hppa, ia64, m68k, ppc64, sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [hppa, ppc64, sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliotek til at bestemme call-chain for et program - kørselstid

• dep: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

Download hhsuite

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	3.3.0+ds-8+b1	10,363.2 kB	80,139.0 kB	[list of files]
amd64	3.3.0+ds-8+b2	55,002.4 kB	467,536.0 kB	[list of files]
arm64	3.3.0+ds-8+b2	10,178.5 kB	78,135.0 kB	[list of files]
armel	3.3.0+ds-8+b2	10,208.2 kB	78,878.0 kB	[list of files]
armhf	3.3.0+ds-8+b2	10,166.5 kB	76,894.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	3.3.0+ds-2	10,281.4 kB	77,679.0 kB	[list of files]
i386	3.3.0+ds-8+b2	72,056.8 kB	627,283.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	3.3.0+ds-8	24,380.8 kB	86,383.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	3.3.0+ds-8+b2	10,239.6 kB	78,262.0 kB	[list of files]
mips64el	3.3.0+ds-8+b2	10,106.4 kB	79,713.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	3.3.0+ds-2	10,250.3 kB	79,324.0 kB	[list of files]
ppc64el	3.3.0+ds-8+b2	10,355.8 kB	80,055.0 kB	[list of files]
riscv64	3.3.0+ds-8+b3	10,370.6 kB	76,447.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	3.3.0+ds-8+b2	10,543.0 kB	79,017.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	3.3.0+ds-2	10,110.0 kB	77,955.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	3.3.0+ds-8+b2	10,491.7 kB	78,402.0 kB	[list of files]