Package: freecontact (1.0.21-14 and others)

[ Source: freecontact  ]

veloce predizione di contatto di proteine

FreeContact è uno strumento ottimizzato per la velocità per predire il contatto dei residui di proteine. Il suo input è un allineamento di sequenze multiple. FreeContact può funzionare come sostituto accelerato degli strumenti di predizione di contatti EVfold-mfDCA di DS. Marks (2011) e PSICOV di D. Jones (2011).

FreeContact è accelerato da una combinazione di istruzioni vettoriali, thread multipli e implementazione più veloce di parti chiave. A seconda dell'allineamento, sono possibili velocizzazioni di 8 volte o più.

È necessario un allineamento sufficientemente ampio per risultati significativi. Come minimo, dovrebbe essere usato un allineamento con un conteggio effettivo (dopo pesatura) di sequenze maggiore della lunghezza della sequenza di interrogazione. Allineamenti con decine di migliaia di sequenze (effettive) sono considerati un buon input.

Per esempio, jackhmmer(1) dal pacchetto hmmer o hhblits(1) da hhsuite possono essere usati per generare gli allineamenti.

Questo pacchetto contiene lo strumento a riga di comando freecontact(1).

Other Packages Related to freecontact

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0)

  libreria per opzioni di programma per C++

• dep: libc6 (>= 2.38) [not alpha, ia64, sh4]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.39) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libfreecontact0t64 (>= 1.0.21)

  fast protein contact predictor library

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.2.1) [sparc64]

  libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]

  libreria GNU Standard C++, versione 3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [not ia64, m68k]

• dep: libunwind8 [ia64]

  libreria per tracciare la catena di chiamate di un programma - runtime

• dep: libxerces-c3.2t64

  libreria per analizzatore XML con validazione per C++

• dep: perl

  "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall

• sug: bash-completion

  completamento programmabile per la shell bash

• sug: hhsuite

  sensitive protein sequence searching based on HMM-HMM alignment

• sug: hmmer

  profilamento di modelli di Markov nascosti per analisi di sequenze proteiche

Download freecontact

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	1.0.21-14	341.0 kB	1,963.0 kB	[list of files]
amd64	1.0.21-14	372.1 kB	1,786.0 kB	[list of files]
arm64	1.0.21-14	335.0 kB	1,826.0 kB	[list of files]
armel	1.0.21-14	321.2 kB	1,625.0 kB	[list of files]
armhf	1.0.21-14	325.4 kB	1,325.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	1.0.21-14	338.9 kB	1,803.0 kB	[list of files]
i386	1.0.21-14	381.4 kB	1,809.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	1.0.21-13.1+b1	370.9 kB	2,762.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	1.0.21-14	365.9 kB	1,825.0 kB	[list of files]
mips64el	1.0.21-14	352.7 kB	2,442.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	1.0.21-14	362.7 kB	2,338.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.0.21-14	362.5 kB	2,082.0 kB	[list of files]
riscv64	1.0.21-14	358.2 kB	1,510.0 kB	[list of files]
s390x	1.0.21-14	345.7 kB	1,778.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	1.0.21-14	394.3 kB	1,762.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	1.0.21-14	304.7 kB	2,662.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	1.0.21-14	375.2 kB	1,705.0 kB	[list of files]