Package: freecontact (1.0.21-7 and others)

[ Source: freecontact  ]

Hurtig protein-kontaktprædiktor

FreeContact er en protein-kontaktrestprædiktor optimeret til hastighed. Dens indgang er en flersekvensopstilling. FreeContact kan fungere som en accelereret erstatning for de offentliggjorte kontaktprædiktorer EVfold-mfDCA af DS. Marks (2011) og PSICOV af D. Jones (2011).

FreeContact accelereres af en kombination af vektorinstruktioner, flere tråde og hurtigere gennemførelse af centrale dele. Afhængig af opstillingen er 8-fold eller højere hastighedsforøgelser mulige.

En tilstrækkelig stor tilpasning er påkrævet for meningsfulde resultater. Som minimum bør en opstilling med et effektivt (efter-vægtning) sekvensantal større end længden af søgesekvensen anvendes. Opstillinger med titusinder af (effektive) sekvenser betragtes som gode inddata.

Jackhmmer(1) fra hmmer-pakken eller hhblits(1) fra hhsuite kan anvendes til at oprette opstillingerne, f.eks.

Denne pakke indeholder kommandolinjeværktøjet freecontact(1).

Other Packages Related to freecontact

• dep: libboost-program-options1.67.0

  bibliotek til programindstillinger for C++

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [armhf, i386]

• dep: libfreecontact0v5

  Hurtig protein-kontaktprædiktor - bibliotek

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [not armhf]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]

• dep: libgomp1 (>= 4.2.1)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: libxerces-c3.2

  validating XML parser library for C++

• dep: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• sug: bash-completion

  Programmerbar færdiggørelse for bashskallen

• sug: hhsuite

  Sensitiv proteinsekvenssøgning baseret på HMM-HMM-sammenligning

• sug: hmmer

  Profilskjulte Markov-modeller for proteinsekvensanalyse

Download freecontact

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1.0.21-7+b1	336.9 kB	1,618.0 kB	[list of files]
arm64	1.0.21-7+b1	307.6 kB	1,590.0 kB	[list of files]
armhf	1.0.21-7+b1	289.3 kB	1,161.0 kB	[list of files]
i386	1.0.21-7+b1	345.3 kB	1,665.0 kB	[list of files]