Paquet : freecontact (1.0.21-14 et autres)

[ Paquet source : freecontact  ]

prédicteur rapide de contact de protéine

FreeContact est un prédicteur de contact de résidu de protéine optimisé pour la vitesse. Son entrée est un alignement de séquences multiples. FreeContact peut servir comme un remplaçant accéléré des prédicteurs de contact existants EVfold-mfDCA de DS. Marks (2011) et PSICOV de D. Jones (2011).

FreeContact est accéléré par une combinaison de vecteurs, plusieurs fils d’exécution et une implémentation plus rapide des parties clés. Selon l’alignement, des accélérations de huit fois ou supérieures sont possibles.

Un alignement suffisamment grand est nécessaire pour des résultats significatifs. Comme minimum, un alignement avec un nombre de séquences effectif (après pondération) supérieur à la longueur de la séquence recherchée devrait être utilisé. Des alignements de dizaines de milliers de séquences (effectives) sont considérés comme une bonne entrée.

Par exemple, jackhmmer(1) du paquet hmmer ou hhblits(1) de hhsuite peuvent être utilisés pour générer les alignements.

Ce paquet fournit l’outil en ligne de commande freecontact(1).

Autres paquets associés à freecontact

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0)

  bibliothèque d'options de programmes pour C++

• dep: libc6 (>= 2.38) [non alpha, ia64, sh4]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.39) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libfreecontact0t64 (>= 1.0.21)

  fast protein contact predictor library

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.2.1) [sparc64]

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [non ia64, m68k]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: libxerces-c3.2t64

  validating XML parser library for C++

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• sug: bash-completion

  complétions programmables pour l'interpréteur bash

• sug: hhsuite

  recherche de séquence de protéines basée sur l’alignement HMM-HMM

• sug: hmmer

  profilage de modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences

Télécharger freecontact

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.0.21-14	341,0 ko	1 963,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.0.21-14	372,1 ko	1 786,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.0.21-14	335,0 ko	1 826,0 ko	[liste des fichiers]
armel	1.0.21-14	321,2 ko	1 625,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	1.0.21-14	325,4 ko	1 325,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	1.0.21-14+b1	338,7 ko	1 804,0 ko	[liste des fichiers]
i386	1.0.21-14	381,4 ko	1 809,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	1.0.21-13.1+b1	370,9 ko	2 762,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	1.0.21-14	365,9 ko	1 825,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.0.21-14	352,7 ko	2 442,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1.0.21-14	362,7 ko	2 338,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.0.21-14	362,5 ko	2 082,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.0.21-14	358,2 ko	1 510,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.0.21-14	345,7 ko	1 778,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1.0.21-14	394,3 ko	1 762,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1.0.21-14	304,7 ko	2 662,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1.0.21-14	375,2 ko	1 705,0 ko	[liste des fichiers]