Package: freecontact (1.0.21-9)

[ Source: freecontact  ]

Hurtig protein-kontaktprædiktor

FreeContact er en protein-kontaktrestprædiktor optimeret til hastighed. Dens indgang er en flersekvensopstilling. FreeContact kan fungere som en accelereret erstatning for de offentliggjorte kontaktprædiktorer EVfold-mfDCA af DS. Marks (2011) og PSICOV af D. Jones (2011).

FreeContact accelereres af en kombination af vektorinstruktioner, flere tråde og hurtigere gennemførelse af centrale dele. Afhængig af opstillingen er 8-fold eller højere hastighedsforøgelser mulige.

En tilstrækkelig stor tilpasning er påkrævet for meningsfulde resultater. Som minimum bør en opstilling med et effektivt (efter-vægtning) sekvensantal større end længden af søgesekvensen anvendes. Opstillinger med titusinder af (effektive) sekvenser betragtes som gode inddata.

Jackhmmer(1) fra hmmer-pakken eller hhblits(1) fra hhsuite kan anvendes til at oprette opstillingerne, f.eks.

Denne pakke indeholder kommandolinjeværktøjet freecontact(1).

Other Packages Related to freecontact

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0)

  bibliotek til programindstillinger for C++

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.7) [not amd64, arm64, ppc64el]

• dep: libfreecontact0v5 (>= 1.0.21)

  Hurtig protein-kontaktprædiktor - bibliotek

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf]

  GNU Standard C++ bibliotek v3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [not armel, armhf]

• dep: libxerces-c3.2

  validating XML parser library for C++

• dep: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• sug: bash-completion

  Programmerbar færdiggørelse for bashskallen

• sug: hhsuite

  Sensitiv proteinsekvenssøgning baseret på HMM-HMM-sammenligning

• sug: hmmer

  Profilskjulte Markov-modeller for proteinsekvensanalyse

Download freecontact

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	360.6 kB	1,733.0 kB	[list of files]
arm64	328.3 kB	1,689.0 kB	[list of files]
armel	309.4 kB	1,508.0 kB	[list of files]
armhf	315.5 kB	1,240.0 kB	[list of files]
i386	372.5 kB	1,780.0 kB	[list of files]
mips64el	352.0 kB	2,427.0 kB	[list of files]
mipsel	351.4 kB	2,253.0 kB	[list of files]
ppc64el	361.9 kB	2,077.0 kB	[list of files]
s390x	327.9 kB	1,765.0 kB	[list of files]