Package: jellyfish (2.3.0-15 and others)
Links for jellyfish
Debian Resources:
Download Source Package jellyfish:
Maintainers:
- Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
- Shaun Jackman (QA Page)
- Andreas Tille (QA Page)
- Michael R. Crusoe (QA Page)
- Étienne Mollier (QA Page)
External Resources:
- Homepage [github.com]
Similar packages:
Tæl k-mers i DNA-sekvenser
JELLYFISH er et værktøj for hurtig, hukommelseseffektiv optælling af k-mers i DNA. En k-mer er en understreng med længden k, og optælling af forekomsterne af alle sådanne understrenge er et centralt trin i mange analyser af DNA-sekvenser. JELLYFISH kan optælle k-mers via en i størrelsesorden mindre brug af hukommelse og via en i størrelsesorden større hurtighed end andre k-mer optællingspakker ved at bruge en effektiv kodning af en hashtabel og ved at udnytte cpu-instruktionen »compare-and- swap« til at øge parallelisme.
JELLYFISH er et program for kommandolinjen, som læser FASTA- og multi- FASTA-filer indeholdende DNA-sekvenser. Den fremstiller sin k-mer- optælling i et binært format, som kan oversættes til et læsevenligt tekstformat via kommandoen »jellyfish dump«.
Other Packages Related to jellyfish
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.34)
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, i386]
- GCC støttebibliotek
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]
-
- dep: libhts3 (>= 1.10)
- C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater
-
- dep: libjellyfish-2.0-2 (= 2.3.0-15+b3)
- Tæl k-mers i DNA-sekvenser - dynamisk bibliotek for jellyfish
-
- dep: libstdc++6 (>= 11)
- GNU Standard C++ bibliotek v3
Download jellyfish
Architecture | Version | Package Size | Installed Size | Files |
---|---|---|---|---|
amd64 | 2.3.0-15+b3 | 770.4 kB | 2,475.0 kB | [list of files] |
arm64 | 2.3.0-15+b3 | 688.6 kB | 2,379.0 kB | [list of files] |
armel | 2.3.0-15+b3 | 636.7 kB | 1,849.0 kB | [list of files] |
armhf | 2.3.0-15+b3 | 661.8 kB | 1,433.0 kB | [list of files] |
i386 | 2.3.0-15+b3 | 754.7 kB | 2,261.0 kB | [list of files] |
mips64el | 2.3.0-15+b3 | 650.1 kB | 3,144.0 kB | [list of files] |
ppc64el | 2.3.0-15+b3 | 734.9 kB | 2,955.0 kB | [list of files] |