all options
buster  ] [  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Source: jellyfish  ]

Package: jellyfish (2.3.0-15 and others)

Links for jellyfish

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package jellyfish:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

Tæl k-mers i DNA-sekvenser

JELLYFISH er et værktøj for hurtig, hukommelseseffektiv optælling af k-mers i DNA. En k-mer er en understreng med længden k, og optælling af forekomsterne af alle sådanne understrenge er et centralt trin i mange analyser af DNA-sekvenser. JELLYFISH kan optælle k-mers via en i størrelsesorden mindre brug af hukommelse og via en i størrelsesorden større hurtighed end andre k-mer optællingspakker ved at bruge en effektiv kodning af en hashtabel og ved at udnytte cpu-instruktionen »compare-and- swap« til at øge parallelisme.

JELLYFISH er et program for kommandolinjen, som læser FASTA- og multi- FASTA-filer indeholdende DNA-sekvenser. Den fremstiller sin k-mer- optælling i et binært format, som kan oversættes til et læsevenligt tekstformat via kommandoen »jellyfish dump«.

Other Packages Related to jellyfish

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Download jellyfish

Download for all available architectures
Architecture Version Package Size Installed Size Files
amd64 2.3.0-15+b3 770.4 kB2,475.0 kB [list of files]
arm64 2.3.0-15+b3 688.6 kB2,379.0 kB [list of files]
armel 2.3.0-15+b3 636.7 kB1,849.0 kB [list of files]
armhf 2.3.0-15+b3 661.8 kB1,433.0 kB [list of files]
i386 2.3.0-15+b3 754.7 kB2,261.0 kB [list of files]
mips64el 2.3.0-15+b3 650.1 kB3,144.0 kB [list of files]
ppc64el 2.3.0-15+b3 734.9 kB2,955.0 kB [list of files]