Package: jellyfish (2.3.1-4 and others)

[ Source: jellyfish  ]

Tæl k-mers i DNA-sekvenser

JELLYFISH er et værktøj for hurtig, hukommelseseffektiv optælling af k-mers i DNA. En k-mer er en understreng med længden k, og optælling af forekomsterne af alle sådanne understrenge er et centralt trin i mange analyser af DNA-sekvenser. JELLYFISH kan optælle k-mers via en i størrelsesorden mindre brug af hukommelse og via en i størrelsesorden større hurtighed end andre k-mer optællingspakker ved at bruge en effektiv kodning af en hashtabel og ved at udnytte cpu-instruktionen »compare-and- swap« til at øge parallelisme.

JELLYFISH er et program for kommandolinjen, som læser FASTA- og multi- FASTA-filer indeholdende DNA-sekvenser. Den fremstiller sin k-mer- optælling i et binært format, som kan oversættes til et læsevenligt tekstformat via kommandoen »jellyfish dump«.

Other Packages Related to jellyfish

• dep: libc6 (>= 2.34) [hppa]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [not hppa, ia64]

• dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not hppa, ia64, riscv64]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC støttebibliotek

• dep: libhts3 (>= 1.10) [ia64]

  C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater

  dep: libhts3 (>= 1.17) [hppa]

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [not hppa, ia64]

  C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater

• dep: libjellyfish-2.0-2 (= 2.3.0-12) [ia64]

  Tæl k-mers i DNA-sekvenser - dynamisk bibliotek for jellyfish

  dep: libjellyfish-2.0-2 (= 2.3.1-2+b1) [hppa]

  dep: libjellyfish-2.0-2 (= 2.3.1-4) [not hppa, ia64]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [hppa]

  GNU Standard C++ bibliotek v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [not hppa, ia64]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [ia64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliotek til at bestemme call-chain for et program - kørselstid

Download jellyfish

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	2.3.1-4	788.8 kB	2,526.0 kB	[list of files]
arm64	2.3.1-4	708.1 kB	2,510.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	2.3.1-2+b1	682.7 kB	2,079.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	2.3.0-12	847.7 kB	5,022.0 kB	[list of files]
mips64el	2.3.1-4	665.6 kB	3,081.0 kB	[list of files]
ppc64el	2.3.1-4	744.5 kB	2,894.0 kB	[list of files]
riscv64	2.3.1-4	755.4 kB	1,962.0 kB	[list of files]