Package: libjellyfish-2.0-2 (2.3.0-15 and others)

[ Source: jellyfish  ]

Tæl k-mers i DNA-sekvenser - dynamisk bibliotek for jellyfish

JELLYFISH er et værktøj for hurtig, hukommelseseffektiv optælling af k-mers i DNA. En k-mer er en understreng med længden k, og optælling af forekomsterne af alle sådanne understrenge er et centralt trin i mange analyser af DNA-sekvenser. JELLYFISH kan optælle k-mers via en i størrelsesorden mindre brug af hukommelse og via en i størrelsesorden større hurtighed end andre k-mer optællingspakker ved at bruge en effektiv kodning af en hashtabel og ved at udnytte cpu-instruktionen »compare-and- swap« til at øge parallelisme.

JELLYFISH er et program for kommandolinjen, som læser FASTA- og multi- FASTA-filer indeholdende DNA-sekvenser. Den fremstiller sin k-mer- optælling i et binært format, som kan oversættes til et læsevenligt tekstformat via kommandoen »jellyfish dump«.

Denne pakke indeholder det dynamiske bibliotek som den kørbare fil for jellyfish er lænket til.

Tags: Role: Shared Library

Other Packages Related to libjellyfish-2.0-2

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

Download libjellyfish-2.0-2

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	2.3.0-15+b3	61.7 kB	192.0 kB	[list of files]
arm64	2.3.0-15+b3	57.4 kB	219.0 kB	[list of files]
armel	2.3.0-15+b3	53.1 kB	163.0 kB	[list of files]
armhf	2.3.0-15+b3	54.0 kB	135.0 kB	[list of files]
i386	2.3.0-15+b3	68.8 kB	195.0 kB	[list of files]
mips64el	2.3.0-15+b3	58.4 kB	232.0 kB	[list of files]
ppc64el	2.3.0-15+b3	67.4 kB	284.0 kB	[list of files]