Paket: jellyfish (2.3.0-15 und andere)

[ Quellcode: jellyfish  ]

Zählt k-mere in DNA-Sequenzen

JELLYFISH ist ein Werkzeug für schnelles, speichereffizientes Zählen von k-meren in DNA. Ein k-mer ist ein Substring der Länge k. Die Vorkommen aller solcher Substrings zu zählen ist ein zentraler Schritt in vielen Analysen von DNA-Sequenzen. JELLYFISH kann k-mere mit einer Größenordnung weniger Speicher und einer Größenordnung schneller als andere Pakete zählen. Dies ist durch eine effiziente Kodierung einer Hashtabelle und durch Ausnutzung der CPU-Anweisung »Compare-and-Swap« für eine erhöhte Parallelisierung möglich.

JELLYFISH ist ein Befehlszeilenprogramm, das FASTA- und multi-FASTA-Dateien bestehend aus DNA-Sequenzen liest. Die Zählung der k-mere wird in einem Binärformat ausgegeben, das mit dem Befehl »jellyfish dump« in ein menschenlesbares Textformat übersetzt werden kann.

Andere Pakete mit Bezug zu jellyfish

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nicht armel, armhf, i386]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C-Bibliothek für Hochdurchsatz-Sequenzierungsdatenformate

• dep: libjellyfish-2.0-2 (= 2.3.0-15+b3)

  count k-mers in DNA sequences (dynamic library of jellyfish)

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	2.3.0-15+b3	770,4 kB	2.475,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	2.3.0-15+b3	688,6 kB	2.379,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	2.3.0-15+b3	636,7 kB	1.849,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	2.3.0-15+b3	661,8 kB	1.433,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	2.3.0-15+b3	754,7 kB	2.261,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	2.3.0-15+b3	650,1 kB	3.144,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	2.3.0-15+b3	734,9 kB	2.955,0 kB	[Liste der Dateien]