Package: jellyfish (2.3.0-15 and others)

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Maintainers:

Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
Shaun Jackman (QA Page)
Andreas Tille (QA Page)
Michael R. Crusoe (QA Page)
Étienne Mollier (QA Page)

External Resources:

Homepage [github.com]

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conta i k-meri in sequenze di DNA

JELLYFISH è uno strumento per contare in modo veloce ed efficiente in termini di memoria i k-meri nel DNA. Un k-mero è una sottostringa di lunghezza k, e contare le occorrenze di tutte queste sottostringhe è un passo fondamentale in molte analisi delle sequenze del DNA. JELLYFISH può contare i k-meri usando una quantità di memoria un ordine di grandezza più piccola e una velocità di un ordine di grandezza più grande di quelle degli altri pacchetti per il conteggio dei k-meri, grazie all'uso di una codifica efficiente di una tabella hash e sfruttando l'istruzione "compare-and-swap" della CPU per aumentare il parallelismo.

JELLYFISH è un programma a riga di comando che legge file FASTA e multi-FASTA contenenti sequenze di DNA. Produce in output il suo conteggio dei k-meri in formato binario, che può essere tradotto in testo intelligibile usando il comando "jellyfish dump".

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dep: libc6 (>= 2.34)

Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, i386]

libreria di supporto a GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

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dep: libhts3 (>= 1.10)

libreria C per formati di dati di sequenziamento ad alte prestazioni
dep: libjellyfish-2.0-2 (= 2.3.0-15+b3)

conta i k-meri in sequenze di DNA (libreria dinamica di jellyfish)
dep: libstdc++6 (>= 11)

libreria GNU Standard C++, versione 3

Download jellyfish

Download for all available architectures
Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	2.3.0-15+b3	770.4 kB	2,475.0 kB	[list of files]
arm64	2.3.0-15+b3	688.6 kB	2,379.0 kB	[list of files]
armel	2.3.0-15+b3	636.7 kB	1,849.0 kB	[list of files]
armhf	2.3.0-15+b3	661.8 kB	1,433.0 kB	[list of files]
i386	2.3.0-15+b3	754.7 kB	2,261.0 kB	[list of files]
mips64el	2.3.0-15+b3	650.1 kB	3,144.0 kB	[list of files]
ppc64el	2.3.0-15+b3	734.9 kB	2,955.0 kB	[list of files]