wszystkie opcje
buster  ] [  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Pakiet źródłowy: jellyfish  ]

Pakiet: jellyfish (2.3.0-15 i inne)

Odnośniki dla jellyfish

Screenshot

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego jellyfish:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Podobne pakiety:

count k-mers in DNA sequences

JELLYFISH is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in DNA. A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences of all such substrings is a central step in many analyses of DNA sequence. JELLYFISH can count k-mers using an order of magnitude less memory and an order of magnitude faster than other k-mer counting packages by using an efficient encoding of a hash table and by exploiting the "compare-and-swap" CPU instruction to increase parallelism.

JELLYFISH is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA files containing DNA sequences. It outputs its k-mer counts in an binary format, which can be translated into a human-readable text format using the "jellyfish dump" command.

Inne pakiety związane z jellyfish

  • wymaga
  • poleca
  • sugeruje
  • enhances

Pobieranie jellyfish

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura Wersja Rozmiar pakietu Rozmiar po instalacji Pliki
amd64 2.3.0-15+b3 770,4 KiB2 475,0 KiB [lista plików]
arm64 2.3.0-15+b3 688,6 KiB2 379,0 KiB [lista plików]
armel 2.3.0-15+b3 636,7 KiB1 849,0 KiB [lista plików]
armhf 2.3.0-15+b3 661,8 KiB1 433,0 KiB [lista plików]
i386 2.3.0-15+b3 754,7 KiB2 261,0 KiB [lista plików]
mips64el 2.3.0-15+b3 650,1 KiB3 144,0 KiB [lista plików]
ppc64el 2.3.0-15+b3 734,9 KiB2 955,0 KiB [lista plików]