Пакет: r-bioc-edger (4.2.2+dfsg-1 и други)

[ Източник: r-bioc-edger  ]

Empirical analysis of digital gene expression data in R

Bioconductor package for differential expression analysis of whole transcriptome sequencing (RNA-seq) and digital gene expression profiles with biological replication. It uses empirical Bayes estimation and exact tests based on the negative binomial distribution. It is also useful for differential signal analysis with other types of genome-scale count data.

Етикети: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::r, interface::commandline, Role: Program

Други пакети, свързани с r-bioc-edger

• dep: libblas3

  Basic Linear Algebra Reference implementations, shared library

  или libblas.so.3

  виртуален пакет, предлаган от libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [не alpha, ia64, riscv64, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не hppa, ia64, m68k, sh4]

  GCC support library

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC support library

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC support library

• dep: liblapack3

  Library of linear algebra routines 3 - shared version

  или liblapack.so.3

  виртуален пакет, предлаган от libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  GNU Standard C++ Library v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [не hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: r-api-4.0

  виртуален пакет, предлаган от r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.18 [hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  Пакетът не е наличен

• dep: r-api-bioc-3.19 [не hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  виртуален пакет, предлаган от r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-limma (>= 3.41.5)

  linear models for microarray data

• dep: r-cran-locfit

  GNU R local regression, likelihood and density estimation

• dep: r-cran-rcpp

  GNU R package for Seamless R and C++ Integration

• sug: r-bioc-annotationdbi

  GNU R Annotation Database Interface for BioConductor

• sug: r-bioc-biobase

  base functions for Bioconductor

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-org.hs.eg.db

  genome-wide annotation for Human

• sug: r-bioc-rhdf5

  BioConductor HDF5 interface to R

• sug: r-bioc-summarizedexperiment

  BioConductor assay container

• sug: r-cran-jsonlite

  Robust, High Performance JSON Parser and Generator for R

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-matrix

  GNU R package of classes for dense and sparse matrices

• sug: r-cran-readr

  GNU R package to read rectangular text data

• sug: r-cran-seuratobject

  GNU R data structures for single cell data

Изтегляне на r-bioc-edger

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	4.2.2+dfsg-1	1 141,5 кБ	1 588,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	4.2.2+dfsg-1	1 154,4 кБ	1 520,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	4.2.2+dfsg-1	1 137,6 кБ	1 524,0 кБ	[списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура)	4.0.16+dfsg-1	1 113,3 кБ	1 522,0 кБ	[списък на файловете]
ia64 (неофициална архитектура)	4.0.16+dfsg-1	1 136,4 кБ	1 806,0 кБ	[списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура)	4.0.16+dfsg-1	1 100,6 кБ	1 432,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	4.2.2+dfsg-1	1 130,0 кБ	1 625,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	4.2.2+dfsg-1	1 155,9 кБ	1 654,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	4.2.2+dfsg-1	1 152,9 кБ	1 588,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	4.2.2+dfsg-1	1 153,3 кБ	1 459,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	4.2.2+dfsg-1	1 153,3 кБ	1 524,0 кБ	[списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура)	4.0.16+dfsg-1	1 129,7 кБ	1 493,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	4.2.2+dfsg-1	1 126,9 кБ	2 234,0 кБ	[списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура)	4.0.16+dfsg-1	1 119,8 кБ	1 451,0 кБ	[списък на файловете]