Pakiet: r-bioc-edger (4.2.1+dfsg-1 i inne)

[ Pakiet źródłowy: r-bioc-edger  ]

Empirical analysis of digital gene expression data in R

Bioconductor package for differential expression analysis of whole transcriptome sequencing (RNA-seq) and digital gene expression profiles with biological replication. It uses empirical Bayes estimation and exact tests based on the negative binomial distribution. It is also useful for differential signal analysis with other types of genome-scale count data.

Znaczniki: Dziedzina: Biologia, Bioinformatyka, Zaimplementowane w: implemented-in::r, interface::commandline, Rola: Program

Inne pakiety związane z r-bioc-edger

• dep: libblas3

  Implementacje Basic Linear Algebra Reference, biblioteka współdzielona

  lub libblas.so.3

  pakiet wirtualny udostępniany przez libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [nie alpha, ia64, riscv64, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie hppa, ia64, m68k, sh4]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgfortran5 (>= 8) [sparc64]

  Runtime library for GNU Fortran applications

• dep: liblapack3

  Library of linear algebra routines 3 - shared version

  lub liblapack.so.3

  pakiet wirtualny udostępniany przez libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [nie hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

• dep: r-api-4.0

  pakiet wirtualny udostępniany przez r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.18 [hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  Pakiet niedostępny

• dep: r-api-bioc-3.19 [nie hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  pakiet wirtualny udostępniany przez r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-limma (>= 3.41.5) [hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  linear models for microarray data

  dep: r-bioc-limma (>= 3.60.3) [nie hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

• dep: r-cran-locfit

  GNU R local regression, likelihood and density estimation

• dep: r-cran-rcpp

  GNU R package for Seamless R and C++ Integration

• sug: r-bioc-annotationdbi [hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  GNU R Annotation Database Interface for BioConductor

  sug: r-bioc-annotationdbi (>= 1.66.0) [nie hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

• sug: r-bioc-biobase [hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  base functions for Bioconductor

  sug: r-bioc-biobase (>= 2.64.0) [nie hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

• sug: r-bioc-biocstyle [hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

  sug: r-bioc-biocstyle (>= 2.32.1) [nie hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

• sug: r-bioc-org.hs.eg.db [hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  genome-wide annotation for Human

  sug: r-bioc-org.hs.eg.db (>= 3.19.1) [nie hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

• sug: r-bioc-rhdf5 [hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  BioConductor HDF5 interface to R

  sug: r-bioc-rhdf5 (>= 2.48.0) [nie hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

• sug: r-bioc-summarizedexperiment [hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  BioConductor assay container

  sug: r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.34.0) [nie hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

• sug: r-cran-jsonlite

  Robust, High Performance JSON Parser and Generator for R

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-matrix

  GNU R package of classes for dense and sparse matrices

• sug: r-cran-readr

  GNU R package to read rectangular text data

• sug: r-cran-seuratobject

  GNU R data structures for single cell data

Pobieranie r-bioc-edger

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	4.2.1+dfsg-1	1 140,3 KiB	1 588,0 KiB	[lista plików]
amd64	4.2.1+dfsg-1	1 154,0 KiB	1 520,0 KiB	[lista plików]
arm64	4.2.1+dfsg-1	1 137,3 KiB	1 524,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	4.0.16+dfsg-1	1 113,3 KiB	1 522,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	4.0.16+dfsg-1	1 136,4 KiB	1 806,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	4.0.16+dfsg-1	1 100,6 KiB	1 432,0 KiB	[lista plików]
mips64el	4.2.1+dfsg-1	1 131,8 KiB	1 625,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	4.2.1+dfsg-1	1 155,3 KiB	1 655,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	4.2.1+dfsg-1	1 152,4 KiB	1 588,0 KiB	[lista plików]
riscv64	4.2.1+dfsg-1	1 152,8 KiB	1 459,0 KiB	[lista plików]
s390x	4.2.1+dfsg-1	1 152,8 KiB	1 524,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	4.0.16+dfsg-1	1 129,7 KiB	1 493,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	4.2.1+dfsg-1	1 127,0 KiB	2 234,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	4.0.16+dfsg-1	1 119,8 KiB	1 451,0 KiB	[lista plików]