Пакет: r-bioc-edger (4.2.2+dfsg-1 и другие)

[ Источник: r-bioc-edger  ]

Empirical analysis of digital gene expression data in R

Bioconductor package for differential expression analysis of whole transcriptome sequencing (RNA-seq) and digital gene expression profiles with biological replication. It uses empirical Bayes estimation and exact tests based on the negative binomial distribution. It is also useful for differential signal analysis with other types of genome-scale count data.

Теги: Область: Биология, Биоинформатика, Реализовано на: implemented-in::r, interface::commandline, Роль: Программа

Другие пакеты, относящиеся к r-bioc-edger

• dep: libblas3

  реализация алгоритмов линейной алгебры — библиотека

  или libblas.so.3

  виртуальный пакет, предоставляемый libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [не alpha, ia64, riscv64, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не hppa, ia64, m68k, sh4]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: liblapack3

  библиотека подпрограмм линейной алгебры вер. 3 — динамическая версия

  или liblapack.so.3

  виртуальный пакет, предоставляемый libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [не hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  библиотека для выявления цепочки вызовов функций в программе

• dep: r-api-4.0

  виртуальный пакет, предоставляемый r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.18 [hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  Пакет недоступен

• dep: r-api-bioc-3.19 [не hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  виртуальный пакет, предоставляемый r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-limma (>= 3.41.5) [не alpha]

  linear models for microarray data

  dep: r-bioc-limma (>= 3.60.3) [alpha]

• dep: r-cran-locfit

  GNU R local regression, likelihood and density estimation

• dep: r-cran-rcpp

  GNU R package for Seamless R and C++ Integration

• sug: r-bioc-annotationdbi [не alpha]

  GNU R Annotation Database Interface for BioConductor

  sug: r-bioc-annotationdbi (>= 1.66.0) [alpha]

• sug: r-bioc-biobase [не alpha]

  base functions for Bioconductor

  sug: r-bioc-biobase (>= 2.64.0) [alpha]

• sug: r-bioc-biocstyle [не alpha]

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

  sug: r-bioc-biocstyle (>= 2.32.1) [alpha]

• sug: r-bioc-org.hs.eg.db [не alpha]

  genome-wide annotation for Human

  sug: r-bioc-org.hs.eg.db (>= 3.19.1) [alpha]

• sug: r-bioc-rhdf5 [не alpha]

  BioConductor HDF5 interface to R

  sug: r-bioc-rhdf5 (>= 2.48.0) [alpha]

• sug: r-bioc-summarizedexperiment [не alpha]

  BioConductor assay container

  sug: r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.34.0) [alpha]

• sug: r-cran-jsonlite

  Robust, High Performance JSON Parser and Generator for R

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-matrix

  GNU R package of classes for dense and sparse matrices

• sug: r-cran-readr

  GNU R package to read rectangular text data

• sug: r-cran-seuratobject

  GNU R data structures for single cell data

Загрузка r-bioc-edger

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	4.2.1+dfsg-1	1 140,3 Кб	1 588,0 Кб	[список файлов]
amd64	4.2.2+dfsg-1	1 154,4 Кб	1 520,0 Кб	[список файлов]
arm64	4.2.2+dfsg-1	1 137,6 Кб	1 524,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	4.0.16+dfsg-1	1 113,3 Кб	1 522,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	4.0.16+dfsg-1	1 136,4 Кб	1 806,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	4.0.16+dfsg-1	1 100,6 Кб	1 432,0 Кб	[список файлов]
mips64el	4.2.2+dfsg-1	1 130,0 Кб	1 625,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	4.2.2+dfsg-1	1 155,9 Кб	1 654,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	4.2.2+dfsg-1	1 152,9 Кб	1 588,0 Кб	[список файлов]
riscv64	4.2.2+dfsg-1	1 153,3 Кб	1 459,0 Кб	[список файлов]
s390x	4.2.2+dfsg-1	1 153,3 Кб	1 524,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	4.0.16+dfsg-1	1 129,7 Кб	1 493,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	4.2.2+dfsg-1	1 126,9 Кб	2 234,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	4.0.16+dfsg-1	1 119,8 Кб	1 451,0 Кб	[список файлов]