套件：ngmlr（0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde 以及其他的）

[ 原始碼： ngmlr  ]

試製（Experimental）套件

警告：這個套件來自於 experimental 發行版。這表示它很有可能表現出不穩定或者出現 bug ，甚至是導致資料損失。請務必在使用之前查閱 changelog 以及其他潛在的文件。

CoNvex Gap-cost alignMents for Long Reads

Ngmlr is a long-read mapper designed to sensitively align PacBilo or Oxford Nanopore to (large) reference genomes. It was designed to quickly and correctly align the reads, including those spanning (complex) structural variations. Ngmlr uses an SV aware k-mer search to find approximate mapping locations for a read and then a banded Smith- Waterman alignment algorithm to compute the final alignment. Ngmlr uses a convex gap cost model that penalizes gap extensions for longer gaps less than for shorter ones to compute precise alignments.

其他與 ngmlr 有關的套件

• dep: libc6 (>= 2.34) [除 alpha, ia64, riscv64, sh4]

  GNU C 函式庫：共用函式庫
  同時作為一個虛擬套件由這些套件填實： libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C 函式庫：共用函式庫
  同時作為一個虛擬套件由這些套件填實： libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC 支援函式庫

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC 支援函式庫

• dep: libssw0 (>= 1.1)

  fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm

• dep: libstdc++6 (>= 11) [除 riscv64]

  GNU Standard C++ Library v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  壓縮函式庫 - 跑程式時用(runtime)

下載 ngmlr

下載可用於所有硬體架構的

硬體架構	版本	套件大小	安裝後大小	檔案
alpha （非官方移植版）	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	674。0 kB	1，303。0 kB	[檔案列表]
amd64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	673。6 kB	1，157。0 kB	[檔案列表]
arm64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	653。2 kB	1，173。0 kB	[檔案列表]
armel	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	648。4 kB	1，112。0 kB	[檔案列表]
armhf	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	649。1 kB	1，008。0 kB	[檔案列表]
i386	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	680。5 kB	1，184。0 kB	[檔案列表]
ia64 （非官方移植版）	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	721。5 kB	1，631。0 kB	[檔案列表]
m68k （非官方移植版）	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	664。0 kB	1，180。0 kB	[檔案列表]
mips64el	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	657。1 kB	1，260。0 kB	[檔案列表]
ppc64 （非官方移植版）	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	677。1 kB	1，301。0 kB	[檔案列表]
ppc64el	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	677。3 kB	1，237。0 kB	[檔案列表]
riscv64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde+b1	669。4 kB	1，078。0 kB	[檔案列表]
s390x	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	654。8 kB	1，173。0 kB	[檔案列表]
sh4 （非官方移植版）	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	696。3 kB	1，173。0 kB	[檔案列表]
sparc64 （非官方移植版）	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	651。9 kB	1，753。0 kB	[檔案列表]
x32 （非官方移植版）	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	672。1 kB	1，136。0 kB	[檔案列表]