Пакет: ngmlr (0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde и други)

[ Източник: ngmlr  ]

Експериментален пакет

Предупреждение: Този пакет е от дистрибуцията experimental. Това означава, че е възможно да е нестабилен или да има грешки, а може дори и да предизвика загуба на данни. Прочетете информация за промените и останалата документация преди да го използвате.

CoNvex Gap-cost alignMents for Long Reads

Ngmlr is a long-read mapper designed to sensitively align PacBilo or Oxford Nanopore to (large) reference genomes. It was designed to quickly and correctly align the reads, including those spanning (complex) structural variations. Ngmlr uses an SV aware k-mer search to find approximate mapping locations for a read and then a banded Smith- Waterman alignment algorithm to compute the final alignment. Ngmlr uses a convex gap cost model that penalizes gap extensions for longer gaps less than for shorter ones to compute precise alignments.

Други пакети, свързани с ngmlr

• dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, loong64, riscv64, sh4]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.36) [loong64, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC support library

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC support library

• dep: libssw0 (>= 1.1)

  fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm

• dep: libstdc++6 (>= 11) [не riscv64]

  GNU Standard C++ Library v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  compression library - runtime

Изтегляне на ngmlr

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	674,0 кБ	1 303,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	673,6 кБ	1 157,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	653,2 кБ	1 173,0 кБ	[списък на файловете]
armel	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	648,4 кБ	1 112,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	649,1 кБ	1 008,0 кБ	[списък на файловете]
i386	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	680,5 кБ	1 184,0 кБ	[списък на файловете]
ia64 (неофициална архитектура)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	721,5 кБ	1 631,0 кБ	[списък на файловете]
loong64 (неофициална архитектура)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	659,6 кБ	1 158,0 кБ	[списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	664,0 кБ	1 180,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	657,1 кБ	1 260,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	677,1 кБ	1 301,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	677,3 кБ	1 237,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde+b1	669,4 кБ	1 078,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	654,8 кБ	1 173,0 кБ	[списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	696,3 кБ	1 173,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	651,9 кБ	1 753,0 кБ	[списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	672,1 кБ	1 136,0 кБ	[списък на файловете]