Balík: ngmlr (0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde a iné)

[ Zdroj: ngmlr  ]

Experimentálny balík

Upozornenie: Tento balík pochádza z distribúcie experimental. To znamená, že je pravdepodobne nestabilný alebo môže dokonca spôsobiť stratu údajov. Predtým, než ho začnete používať sa prosím pozrite do záznamu zmien a ďalšej možnej dokumentácie.

CoNvex Gap-cost alignMents for Long Reads

Ngmlr is a long-read mapper designed to sensitively align PacBilo or Oxford Nanopore to (large) reference genomes. It was designed to quickly and correctly align the reads, including those spanning (complex) structural variations. Ngmlr uses an SV aware k-mer search to find approximate mapping locations for a read and then a banded Smith- Waterman alignment algorithm to compute the final alignment. Ngmlr uses a convex gap cost model that penalizes gap extensions for longer gaps less than for shorter ones to compute precise alignments.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom ngmlr

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, riscv64, sh4]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  podporná knižnica GCC

• dep: libssw0 (>= 1.1)

  fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm

• dep: libstdc++6 (>= 11) [nie riscv64]

  štandardná knižnica C++ GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  nnižnica na určenie na určenie postupnosti volania programu - dynamické súbory

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  komprimačná knižnica - dynamická verzia

Stiahnuť ngmlr

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	674.0 kB	1,303.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	673.6 kB	1,157.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	653.2 kB	1,173.0 kB	[zoznam súborov]
armel	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	648.4 kB	1,112.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	649.1 kB	1,008.0 kB	[zoznam súborov]
i386	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	680.5 kB	1,184.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	721.5 kB	1,631.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	664.0 kB	1,180.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	657.1 kB	1,260.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	677.1 kB	1,301.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	677.3 kB	1,237.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde+b1	669.4 kB	1,078.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	654.8 kB	1,173.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	696.3 kB	1,173.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	651.9 kB	1,753.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	672.1 kB	1,136.0 kB	[zoznam súborov]