Paket: ngmlr (0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde und andere)

[ Quellcode: ngmlr  ]

Experimentelles Paket

Warnung: Dieses Paket stammt aus der Experimental-Distribution. Dies bedeutet, dass es höchstwahrscheinlich instabil oder fehlerhaft ist und sogar Datenverlust verursachen kann. Bitte lesen Sie den Changelog und andere möglicherweise verfügbare Dokumentation, bevor Sie es benutzen.

CoNvex Gap-cost alignMents for Long Reads

Ngmlr is a long-read mapper designed to sensitively align PacBilo or Oxford Nanopore to (large) reference genomes. It was designed to quickly and correctly align the reads, including those spanning (complex) structural variations. Ngmlr uses an SV aware k-mer search to find approximate mapping locations for a read and then a banded Smith- Waterman alignment algorithm to compute the final alignment. Ngmlr uses a convex gap cost model that penalizes gap extensions for longer gaps less than for shorter ones to compute precise alignments.

Andere Pakete mit Bezug zu ngmlr

• dep: libc6 (>= 2.34) [nicht alpha, ia64, riscv64, sh4]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libssw0 (>= 1.1)

  fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm

• dep: libstdc++6 (>= 11) [nicht riscv64]

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

ngmlr herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	674,0 kB	1.303,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	673,6 kB	1.157,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	653,2 kB	1.173,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	648,4 kB	1.112,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	649,1 kB	1.008,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	680,5 kB	1.184,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	721,5 kB	1.631,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	664,0 kB	1.180,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	657,1 kB	1.260,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	677,1 kB	1.301,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	677,3 kB	1.237,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde+b1	669,4 kB	1.078,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	654,8 kB	1.173,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	696,3 kB	1.173,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	651,9 kB	1.753,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	672,1 kB	1.136,0 kB	[Liste der Dateien]