Пакет: ngmlr (0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde и другие)

[ Источник: ngmlr  ]

Экспериментальный пакет

Предупреждение: данный пакет находится в экспериментальной ветке дистрибутива. Это означает, что он нестабилен или содержит ошибки, и даже может вызвать потерю данных. Перед использованием внимательно прочитайте файл changelog и другую доступную документацию.

CoNvex Gap-cost alignMents for Long Reads

Ngmlr is a long-read mapper designed to sensitively align PacBilo or Oxford Nanopore to (large) reference genomes. It was designed to quickly and correctly align the reads, including those spanning (complex) structural variations. Ngmlr uses an SV aware k-mer search to find approximate mapping locations for a read and then a banded Smith- Waterman alignment algorithm to compute the final alignment. Ngmlr uses a convex gap cost model that penalizes gap extensions for longer gaps less than for shorter ones to compute precise alignments.

Другие пакеты, относящиеся к ngmlr

• dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, riscv64, sh4]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libssw0 (>= 1.1)

  fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm

• dep: libstdc++6 (>= 11) [не riscv64]

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  библиотека для выявления цепочки вызовов функций в программе

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  библиотека сжатия

Загрузка ngmlr

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	674,0 Кб	1 303,0 Кб	[список файлов]
amd64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	673,6 Кб	1 157,0 Кб	[список файлов]
arm64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	653,2 Кб	1 173,0 Кб	[список файлов]
armel	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	648,4 Кб	1 112,0 Кб	[список файлов]
armhf	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	649,1 Кб	1 008,0 Кб	[список файлов]
i386	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	680,5 Кб	1 184,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	721,5 Кб	1 631,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	664,0 Кб	1 180,0 Кб	[список файлов]
mips64el	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	657,1 Кб	1 260,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	677,1 Кб	1 301,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	677,3 Кб	1 237,0 Кб	[список файлов]
riscv64	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde+b1	669,4 Кб	1 078,0 Кб	[список файлов]
s390x	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	654,8 Кб	1 173,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	696,3 Кб	1 173,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	651,9 Кб	1 753,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde	672,1 Кб	1 136,0 Кб	[список файлов]