Paket: libtfbs-perl (0.7.1+ds-4 ve diğerleri)

[ Kaynak: libtfbs-perl  ]

scanning DNA sequence with a position weight matrix

The TFBS perl modules comprise a set of routines to interact with the Transfac and Jaspar databases that describe a special family of proteins, the transcription factors. These bind to genomic DNA to initiate (or prevent) the readout of a gene. Once multiple binding sites are known for a transcription factor, these are gathered in a single file and are aligned in order to find position-specific characteristica that might be used to predict such binding events in novel DNA sequences.

If you use TFBS in your work, please cite "Lenhard B., Wasserman W.W. (2002) TFBS: Computational framework for transcription factor binding site analysis. Bioinformatics 18:1135-1136".

Note: the TFBS perl module is no longer under active development. All the functionality can be found in the TFBSTools Bioconductor package; users are highly encouraged to switch. <http://bioconductor.org/packages/TFBSTools/>

Etiketler: Yazılım Geliştirme: Perl Geliştirme, Kitaplıklar, Alan: field::biology, field::biology:bioinformatics, Geliştirildiği dil: C, implemented-in::perl, interface::commandline, Rol: Geliştirme Kitaplığı, Program

libtfbs-perl ile İlgili Diğer Paketler

• dep: bioperl

  Perl tools for computational molecular biology

• dep: libc6 (>= 2.38) [alpha, ia64, loong64, sh4 değil]

  GNU C Library: Shared libraries
  ayrıca şunun tarafından sağlanan bir sanal paket libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU C Library: Shared libraries
  ayrıca şunun tarafından sağlanan bir sanal paket libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libdbi-perl

  Perl Database Interface (DBI)

• dep: libwww-perl

  simple and consistent interface to the world-wide web

• dep: pdl (>= 1:2.085-1) [ia64]

  perl data language: Perl extensions for numerics

  dep: pdl (>= 1:2.093-1+b1) [alpha, arm64, armhf, hppa, ia64, riscv64 değil]

  dep: pdl (>= 1:2.098-3) [alpha]

  dep: pdl (>= 1:2.099-3+b1) [hppa]

  dep: pdl (>= 1:2.100-1) [arm64, armhf, riscv64]

• dep: pdlapi-20

  sanal paketi sağlayan pdl

• dep: perl (>= 5.38.2-3.2) [ia64]

  Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

  dep: perl (>= 5.40.0-6) [alpha, arm64, armhf, hppa, ia64, riscv64 değil]

  dep: perl (>= 5.40.0-8) [alpha]

  dep: perl (>= 5.40.1-2) [arm64, armhf, hppa, riscv64]

• dep: perlapi-5.38.2 [ia64]

  sanal paketi sağlayan perl-base

• dep: perlapi-5.40.0 [arm64, armhf, hppa, ia64, riscv64 değil]

  sanal paketi sağlayan perl-base

• dep: perlapi-5.40.1 [arm64, armhf, hppa, riscv64]

  sanal paketi sağlayan perl-base

• rec: libgd-gd2-perl

  sanal paketi sağlayan libgd-perl

  ya da libgd-gd2-noxpm-perl

  sanal paketi sağlayan libgd-perl

libtfbs-perl indir

Tüm mevcut mimariler için indir

Mimari	Sürüm	Paket Boyutu	Kurulu Boyut	Dosyalar
alpha (resmi olmayan port)	0.7.1+ds-4	218,0 kB	1.029,0 kB	[dosya listesi]
amd64	0.7.1+ds-4+b1	216,4 kB	981,0 kB	[dosya listesi]
arm64	0.7.1+ds-4+b2	218,6 kB	1.029,0 kB	[dosya listesi]
armel	0.7.1+ds-4+b1	217,6 kB	981,0 kB	[dosya listesi]
armhf	0.7.1+ds-4+b2	217,6 kB	1.029,0 kB	[dosya listesi]
hppa (resmi olmayan port)	0.7.1+ds-4+b2	219,7 kB	982,0 kB	[dosya listesi]
i386	0.7.1+ds-4+b1	217,0 kB	981,0 kB	[dosya listesi]
ia64 (resmi olmayan port)	0.7.1+ds-3	218,4 kB	985,0 kB	[dosya listesi]
loong64 (resmi olmayan port)	0.7.1+ds-4+b1	216,7 kB	981,0 kB	[dosya listesi]
m68k (resmi olmayan port)	0.7.1+ds-4+b1	215,6 kB	981,0 kB	[dosya listesi]
mips64el	0.7.1+ds-4+b1	216,5 kB	1.030,0 kB	[dosya listesi]
ppc64 (resmi olmayan port)	0.7.1+ds-4+b1	217,6 kB	1.029,0 kB	[dosya listesi]
ppc64el	0.7.1+ds-4+b1	217,3 kB	1.029,0 kB	[dosya listesi]
riscv64	0.7.1+ds-4+b2	217,6 kB	977,0 kB	[dosya listesi]
s390x	0.7.1+ds-4+b1	216,5 kB	981,0 kB	[dosya listesi]
sh4 (resmi olmayan port)	0.7.1+ds-4+b1	219,2 kB	1.029,0 kB	[dosya listesi]
sparc64 (resmi olmayan port)	0.7.1+ds-4+b1	216,4 kB	1.991,0 kB	[dosya listesi]
x32 (resmi olmayan port)	0.7.1+ds-4+b1	216,4 kB	981,0 kB	[dosya listesi]