パッケージ: libtfbs-perl (0.7.1+ds-4 など)

[ ソース: libtfbs-perl  ]

scanning DNA sequence with a position weight matrix

The TFBS perl modules comprise a set of routines to interact with the Transfac and Jaspar databases that describe a special family of proteins, the transcription factors. These bind to genomic DNA to initiate (or prevent) the readout of a gene. Once multiple binding sites are known for a transcription factor, these are gathered in a single file and are aligned in order to find position-specific characteristica that might be used to predict such binding events in novel DNA sequences.

If you use TFBS in your work, please cite "Lenhard B., Wasserman W.W. (2002) TFBS: Computational framework for transcription factor binding site analysis. Bioinformatics 18:1135-1136".

Note: the TFBS perl module is no longer under active development. All the functionality can be found in the TFBSTools Bioconductor package; users are highly encouraged to switch. <http://bioconductor.org/packages/TFBSTools/>

タグ: ソフトウェア開発: Perl での開発, ライブラリ, 分野: field::biology, field::biology:bioinformatics, 実装言語: C, implemented-in::perl, interface::commandline, 役割: 開発ライブラリ, プログラム

その他の libtfbs-perl 関連パッケージ

• dep: bioperl

  Perl tools for computational molecular biology

• dep: libc6 (>= 2.38) [alpha, ia64, sh4 以外]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libdbi-perl

  Perl Database Interface (DBI)

• dep: libwww-perl

  world-wide web へのシンプルで一貫性のあるインターフェース

• dep: pdl (>= 1:2.085-1) [ia64]

  perl data language: Perl extensions for numerics

  dep: pdl (>= 1:2.093-1+b1) [alpha, hppa, ia64 以外]

  dep: pdl (>= 1:2.095-1) [hppa]

  dep: pdl (>= 1:2.098-3) [alpha]

• dep: pdlapi-20

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: pdl

• dep: perl (>= 5.38.2-3.2) [ia64]

  Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語

  dep: perl (>= 5.40.0-6) [alpha, hppa, ia64 以外]

  dep: perl (>= 5.40.0-8) [alpha, hppa]

• dep: perlapi-5.38.2 [ia64]

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: perl-base

• dep: perlapi-5.40.0 [ia64 以外]

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: perl-base

• rec: libgd-gd2-perl

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: libgd-perl

  または libgd-gd2-noxpm-perl

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: libgd-perl

libtfbs-perl のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	0.7.1+ds-4	218.0 kB	1,029.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	0.7.1+ds-4+b1	216.4 kB	981.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	0.7.1+ds-4+b1	216.7 kB	1,029.0 kB	[ファイル一覧]
armel	0.7.1+ds-4+b1	217.6 kB	981.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	0.7.1+ds-4+b1	215.8 kB	977.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	0.7.1+ds-4+b1	217.9 kB	982.0 kB	[ファイル一覧]
i386	0.7.1+ds-4+b1	217.0 kB	981.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	0.7.1+ds-3	218.4 kB	985.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	0.7.1+ds-4+b1	215.6 kB	981.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	0.7.1+ds-4+b1	216.5 kB	1,030.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	0.7.1+ds-4+b1	217.6 kB	1,029.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	0.7.1+ds-4+b1	217.3 kB	1,029.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	0.7.1+ds-4+b1	216.6 kB	977.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	0.7.1+ds-4+b1	216.5 kB	981.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	0.7.1+ds-4+b1	219.2 kB	1,029.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	0.7.1+ds-4+b1	216.4 kB	1,991.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	0.7.1+ds-4+b1	216.4 kB	981.0 kB	[ファイル一覧]