Package: libtfbs-perl (0.7.1+ds-4 and others)

[ Source: libtfbs-perl  ]

Skanning af en DNA-sekvens med en positionsvægtet matrix

Perlmodulet TFBS betår af et sæt af rutiner til interaktion med Transfac- og Jaspar-databaser, der beskriver en speciel proteinfamilie, transkriptionsfaktorerne. Disse binder sig til genom-DNA for at igangsætte (eller forhindre) udlæsningen af et gen. Når flere bindingssteder er kendt for en transkriptionsfaktor, så samles disse i en enkelt fil og sammenlignes for at finde for positionen specifikke karakteristika, der kan bruges til at forudse sådanne bindingshændelser i nye DNA-sekvenser.

Hvis du bruger TFBS i dit arbejde, så citer venligst »Lenhard B., Wasserman W.W. (2002) TFBS: Computational framework for transcription factor binding site analysis. Bioinformatics 18:1135-1136«.

Bemærk: Perlmodulet TFBS er ikke længere under aktiv udvikling. Al funktionalitet kan findes i pakken TFBSTools Bioconductor; brugere anbefales at skifte. <http://bioconductor.org/packages/TFBSTools/>.

Tags: Software Development: Perl Development, Libraries, Field: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implemented in: C, implemented-in::perl, interface::commandline, Role: Development Library, Program

Other Packages Related to libtfbs-perl

• dep: bioperl

  Perlværktøjer til modellering af molekylær biologi

• dep: libc6 (>= 2.38) [not alpha, ia64, sh4]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libdbi-perl

  databasegrænseflade til Perl (DBI)

• dep: libwww-perl

  Simpel og konsistent grænseflade til World Wide Web

• dep: pdl (>= 1:2.085-1) [ia64]

  Perl-datasprog: Perludvidelser for numeriske tal

  dep: pdl (>= 1:2.093-1+b1) [not alpha, hppa, ia64]

  dep: pdl (>= 1:2.095-1) [hppa]

  dep: pdl (>= 1:2.098-3) [alpha]

• dep: pdlapi-20

  virtual package provided by pdl

• dep: perl (>= 5.38.2-3.2) [ia64]

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

  dep: perl (>= 5.40.0-6) [not alpha, hppa, ia64]

  dep: perl (>= 5.40.0-8) [alpha, hppa]

• dep: perlapi-5.38.2 [ia64]

  virtual package provided by perl-base

• dep: perlapi-5.40.0 [not ia64]

  virtual package provided by perl-base

• rec: libgd-gd2-perl

  virtual package provided by libgd-perl

  or libgd-gd2-noxpm-perl

  virtual package provided by libgd-perl

Download libtfbs-perl

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	0.7.1+ds-4	218.0 kB	1,029.0 kB	[list of files]
amd64	0.7.1+ds-4+b1	216.4 kB	981.0 kB	[list of files]
arm64	0.7.1+ds-4+b1	216.7 kB	1,029.0 kB	[list of files]
armel	0.7.1+ds-4+b1	217.6 kB	981.0 kB	[list of files]
armhf	0.7.1+ds-4+b1	215.8 kB	977.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	0.7.1+ds-4+b1	217.9 kB	982.0 kB	[list of files]
i386	0.7.1+ds-4+b1	217.0 kB	981.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	0.7.1+ds-3	218.4 kB	985.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	0.7.1+ds-4+b1	215.6 kB	981.0 kB	[list of files]
mips64el	0.7.1+ds-4+b1	216.5 kB	1,030.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	0.7.1+ds-4+b1	217.6 kB	1,029.0 kB	[list of files]
ppc64el	0.7.1+ds-4+b1	217.3 kB	1,029.0 kB	[list of files]
riscv64	0.7.1+ds-4+b1	216.6 kB	977.0 kB	[list of files]
s390x	0.7.1+ds-4+b1	216.5 kB	981.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	0.7.1+ds-4+b1	219.2 kB	1,029.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	0.7.1+ds-4+b1	216.4 kB	1,991.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	0.7.1+ds-4+b1	216.4 kB	981.0 kB	[list of files]